Penghapusan nilai-nilai agama dalam perkembangan ilmu, sehingga ilmu berkembang tanpa mempertimbangkan aspek moral.
Dominasi pandangan dunia materialistik, yang menyebabkan hilangnya dimensi spiritual dalam pemikiran ilmiah.
"Science without religion is lame, religion without science is blind."
 --- Albert Einstein
Kritik terhadap Sekularisme
Mengabaikan Aspek Moral dalam Sains
Sains yang terlepas dari nilai-nilai moral berpotensi digunakan untuk eksploitasi, kehancuran lingkungan, dan ketidakadilan sosial (contoh: rekayasa genetika tanpa etika, pengembangan AI tanpa batas).
Meminggirkan Ilmu Wahyu
Sekularisme dalam sains menganggap wahyu sebagai sesuatu yang tidak relevan, padahal dalam sejarah, banyak ilmuwan Muslim (Ibn Sina, Al-Biruni, Al-Farabi) mengembangkan sains dengan dasar spiritual.
Menjadikan Sains sebagai Dogma Baru
Sekularisme sering mengarah pada "scientism", di mana sains dianggap sebagai satu-satunya cara untuk memahami realitas, sementara agama dan filsafat dianggap irasional.
Relevansi dalam Islamisasi Sains