Supardjo kembali ke markas pimpinan G30S (Untung, Latief, Suyono, Syam dan Pono) yang pindah dari Gedung Penas ke rumah kecil milik Sersan Sujatno(sumber: Roosa, "Wawancara dengan Heru Atmodjo", 2002). Supardjo melaporkan hasil pertemuannya bahwa Presiden menolak permintaan mereka untuk mendukung G30S, dan Presiden memerintahkan untuk menghentikan gerakan. Semua lemas mendengarnya, namun semua patuh. Kecuali Syam, yang ngotot untuk meneruskan gerakantanpa dukungan Soekarno(sumber: Dokumen Supardjo).
Sadar bahwa perjuangannya sudah kandas, para pimpinan G30S akhirnya melarikan diri. Termasuk Aidit yang disembunyikan di rumah lain pun sadar bahwa percaturan politiknya sudah skakmat. Malamnya ia melarikan diri ke Jawa Tengah.
10.4. Soekarno Tunjuk Pranoto
Kembali ke kronologi tanggal 1 Oktober. Pertemuan kedua antara Soekarno dan Supardjo berlangsung pukul 12 siang. Topiknya adalah menunjuk pengganti sementara Yani sebagai Pangad. Supardjo diminta pendapatnya, dan mengusulkan 3 nama yaitu Mayjen U. Rukman, Mayjen Pranoto, dan Mayjen Basuki Rachmat. Soekarno memutuskan untuk menunjuk Mayjen Pranoto -- perwira yang tahun 1958 membongkar kasus dugaan korupsi Kol. Soeharto -- sebagai caretaker Pangad menggantikan A. Yani. Soekarno menandatangani surat pengangkatan Pranoto jam 13.30 (sumber: Supardjo, Beberapa Pendapat Jang Mempengaruhi Gagalnja “G-30-S” Dipandang Dari Sudut Militer).
Soeharto marah mendengar pengangkatan Pranoto. Lewat bukunya “Otobiografi Soeharto: Pikiran, Ucapan dan Tindakan Saya” tahun 1989 ia menceritakan dirinya protes secara langsung pada Soekarno, karena biasanya ia yang ditunjuk menggantikan Yani jika berhalangan. Dialog dalam Otobiografi itu -- dengan segala hormat -- bertentangan dengan fakta bahwa Soekarno tak pernah bertemu Soeharto untuk minta pendapat dalam penunjukan Pranoto. Namun, kisah imajinatif dalam Otobiografi Soeharto itu menunjukkan satu hal: bahwa dengan terbunuhnya Yani, Soeharto memperkirakan dirinya yang menggantikan sebagai Pangad.
Pranoto hanya menjabat sebagai Pangad sekitar 2 minggu. Ia kemudian diganti oleh Mayjen Soeharto, yang kemudian menjebloskannya ke penjara bulan Februari 1966 dengan tuduhan terlibat G30S. Dipenjara selama 15 tahun, Pranoto mengatakan bahwa ia difitnah dan dipenjara akibat Soeharto dendam kasus korupsinya dibeberkan (referensi disini)
11. Reaksi Soeharto
Tanggal 1 Oktober 1965, jam 6 pagi Mayjen Pranoto memimpin rapat di MBAD. Pagi itu mereka belum mendengar bahwa siangnya Pranoto ditunjuk sebagai caretaker. Ia mengumpulkan berbagai informasi. Diketahui bahwa 6 jenderal telah diculik, dan 1 letnan salah tangkap. Mereka memperoleh informasi bahwa pimpinannya, Menpangad Yani, tewas ditembak di rumah. Terlihat bahwa tak ada satupun perwira di MBAD yang tahu siapa yang menculik, dan apa motivasinya. Rapat MBAD kemudian memutuskan untuk menunjuk Soeharto sebagai caretaker Menpangad. (sumber: Pranoto, Memoar Mayor Jendral Raden Pranoto Reksosamodra, hlm 245-255).
Di Markas Kostrad, Soeharto tiba sekitar jam 6.30 pagi. Ia sudah mendapat laporan dari tetangga tentang penembakan Jend. Yani di rumahnya, dan sudah menduga Pangad telah tewas. Soeharto mengangkat dirinya sebagai Panglima AD ad interim. Perwira kunci yang menguasai pasukan paling besar di Jakarta, Pangdam Jaya Umar Wirahadikusumah, melapor pada Soeharto jam 8.00 dan menempatkan dirinya di bawah Soeharto (sumber: Wirahadikusumah, Dari Peristiwa ke Peristiwa, hlm 186).
11.1. Bersihkan Lapangan Monas
Tindakan pertama Soeharto dalam menangani G30S adalah menuntut dua batalyon di Lapangan Merdeka (sekarang dinamakan Lapangan Monas) untuk menyerahkan diri. Ia mengirim perwira-perwiranya, antara lain Ali Murtopo, untuk memanggil kedua komandan pasukan. Saat itu kedua komandan sedang berada di istana menemani Supardjo. Para perwira Kostrad bertemu dengan wakil-wakil komandan yang ada di lapangan, yang kemudian patuh dan menghadap Pangkostrad. Di markas Kostrad, yang hanya berjarak beberapa meter dari Lapangan Monas, Soeharto mengancam akan menyerang mereka jika tidak menyerahkan diri ke Markas Kostrad.
Para wakil komandan tentu bingung. Yon 454 dan 530 datang dari Jateng dan Jatim ke Jakarta atas perintah Pangkostrad, kemudian diancam akan diserang oleh Pangkostrad yang mendatangkannya.
