Pajak Masukan berhubungan dengan aliran uang keluar atau cash outflow, sedangkan Pajak Keluaran berhubungan dengan aliran uang masuk atau cash inflow. Pajak Masukan merupakan uang muka pajak, sedangkan Pajak Keluaran merupakan utang pajak. Saldo keduanya akan saling di offset dalam SPT Masa PPN, setelah masa pajak berakhir, dan akan menghasilkan tiga kemungkinan yaitu:
1. Kemungkinan pertama yaitu dapat menghasilkan kekurangan pembayaran pajak, jika jumlah Pajak Keluaran/cash inflow melebihi jumlah Pajak Masukan/cash outflow;
2. Kemungkinan kedua yaitu dapat menghasilkan kelebihan pembayaran pajak jika jumlah Pajak Masukan/cash outlow melebihi jumlah Pajak Keluaran/cash inflow;
3. Kemungkinan ketiga yaitu dapat menghasilkan jumlah nihil jika jumlah Pajak Keluaran/cash inflow sama dengan jumlah Pajak Masukan/cash outflow.
Pemahaman tentang cash inflow pada Pajak Keluaran serta cash outflow pada Pajak Masukan ini menjelaskan bahwa mengapa pada transaksi penyerahan Barang Kena Pajak/Jasa Kena Pajak yang berkaitan dengan Instansi Pemerintah serta ekspor akan menimbulkan kelebihan bayar PPN. Pajak Keluaran untuk transaksi tersebut tidak menimbulkan uang masuk (cash inflow) yang dapat ditandingkan dengan Pajak Msukan yang telah menimbulkan aliran uang keluar (cash outflow). Sedangkan, pada transaksi tertentu yang tidak pernah menimbulkan Pajak Keluaran maka tidak menimbulkan aliran uang masuk atau zero cash inflow, serta Pajak Masukannya juga tidak dapat dikreditkan, yaitu:
1. Transaksi penyerahan bukan Barang Kena Pajak (BKP) atau bukan Jasa Kena Pajak (JKP) yang tidak terutang PPN;
2. Transaksi penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) yang mendapat fasilitas di bidang PPN, seperti penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) yang mendapat fasilitas PPN dibebaskan. Ketentuan ini dimaksudkan untuk menghindari kelebihan bayar Pajak Pertambahan Nilai (PPN).
Berikut ini merupakan beberapa hal terkait prinsip dasar pengkreditan Pajak Masukan:
a. Pajak Masukan dikreditkan dengan Pajak Keluaran yang dipungut dalam Masa Pajak yang sama
Pada dasarnya Pajak Masukan yang tercantum dalam Faktur Pajak yang dibuat dalam suatu masa pajak tidak dapat dikreditkan dengan Pajak Keluaran yang dikenakan berdasarkan Faktur Pajak yang dibuat dalam masa pajak lain. Namun demikian, karena UU PPN menganut stelsel akrual, terbuka kemungkinan melakukan pengreditan Pajak Masukan dalam masa pajak yang tidak sama sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (9) UU PPN, yaitu Pajak Masukan yang belum dikreditkan dengan Pajak Keluaran dalam masa pajak yang sama dapat dikreditkan sampai dengan paling lambat dalam bulan ketiga setelah berakhirnya masa pajak yang bersangkutan sepanjang memenuhi syarat:
- Pajak Masukan itu belum dibebankan sebagai biaya; dan
