Wilayah Mataram masa Senopati adalah Jawa Timur antara lain Surabaya, Madiun, dan Ponorogo, Jawa Barat terdiri dari Cirebon dan Galuh. Perwujudan visi tersebut adalah wilayah Mataram membentang dari Jawa Barat (sebagian), Jawa Tengah, sampai Jawa Timur (kecuali Blambangan). Senopati adalah peletak dasar kebesaran Mataram Islam. Senopati wafat tahun 1601, ia digantikan oleh putranya yang bernama Raden Mas Jolang.
Wilayah Mataram masa Senopati terbagi menjadi dua yaitu wilayah dalam dan luar. Wilayah dalam merupakan pusat pemerintahan dan negara agung sebagai daerah apanage (daerah pelungguh) bagi pejabat kerajaan.
Sedangkan wilayah luar merupakan kekuasaan kerajaan Mataram yang meliputi daerah-daerah otonomi yang luas yang terdiri dari mancanegara dan pesisiran. (Sutrisno Kutoyo dalam Abimanyu,2015:378). Wilayah ini makin mantab keberadaannya sejak Sultan Agung menjadi raja Mataram.
b. Masa Pemerintahan Raden Mas Jolang (1601-1613)
Raden Mas Jolang menggantikan Senopati dengan gelar Panembahan Hanyokrowati. Sebagai raja Mataram yang ke dua, ia masih menggunakan gelar Sri Susuhunan Adi Prabu Hanyokrowati Senopati ing Alaga Mataram. Gelar Panembahan yang melekat pada Senopati, masih disematkan sebagai gelar kebesarannya.
Ibukota kerajaan juga masih mempertahankan Kota Gede. Wilayah kekuasaan Mataram bertambah antara lain menaklukkan Demak. Lamongan, Gresik, dan Tuban.
Ujian politik masa pemerintahannya adalah pemberontakan Pangeran Puger (putra ketiga Senopati), dan Pangeran Jayaraga (putra ketujuh Senopati). Seperti diketahui bahwa Senopati saat berkuasa, mempunyai tiga istri.
Dari ketiga istrinya, Senopati mempunyai 14 anak. Maka, pemberontakan tersebut adalah pemberontakan kakak dan adiknya sendiri (perebutan kekuasaan antar anak-anak Senopati yang berbeda istri).
Semua pemberontakan tersebut berhasil dipadamkan. Seperti diketahui bahwa Hanyokrowati adalah putra ke delapan dari empat belas putra Senopati. Raden Mas Jolang wafat tahun 1613.
2. Periode Ibukota Kerta
Sepeninggal Hanyokrowati (1613), tampuk pemerintahan Mataram dilanjutkan putranya yang bernama Raden Mas Rangsang (1613-1645). Ia menjadi raja ke tiga Mataram.
