Juga sama dengan bagian FBW, yang bertanggung jawab untuk hal ini Zhen Qinglin juga menemui batu sandung dalam masalah teknologi komputer, sistem avionilk yang dalam pesawat disebut "system saraf" melalui ini untuk mengatur segala manuver terbang dalam melaksanakan semua misi tempur dari pesawat.
Dibandingkan dengan filght control jet tempur Gen-2 yang masih lebih sederhana, setiap peralatan masih berfungsi mandiri, tapi di Gen-3 semua fungsi sangat komplek. Sistem terdahulu sama sekali tidak cocok dipakai, jika ingin memasang 10 macam persenjataan, dan perlu untuk misi udara-udara, udara-daratan, jarak dekat, jarak jauh, macam-macam manuver dan target, semua harus dibuat untuk dibikin tepat sasaran. Pesawat yang lama jika tidak mudah melakukannya, maka tidak bisa melakukkannya perlu membangun satu sistem jaringan.
Dari tahap mula harus membangun bahasa komputer baru, para disainer bagian flight control sedikit demi sedikit dan setahap demi setahap maju terus, dari rute jalur hingga komunikasi dan terus ke pengopersian puluhan macam persenjataan, semuanya harus dijadikan perangkat lunak. Untuk semuanya ini harus menyelesaikan hingga 10 tahun lebih, baru bisa dirampungkan sistem flgiht control untuk ditingkatkan menjadi generasi baru.
Chen Qinglin mengatakan: Satu dokumen kita ada ratusan lembar, maka pekerjaan ini sungguh-sungguh sangat besar, dan sangat menegangkan. Pada dasarnya semua bagian harus bekerja lembur terus dan berkutat di ruangan disain.
Beban Struktur
Yang membuat para peneliti khawatir ada banyak, salah satunya disainer yang terlibat dalam disain kekuatan struktural Zhang Lixin (/51 tahun) ketika itu sebagai wakil kepala regu. Tahun itu dia baru lulus dari universitas bagian disain, datang bergabung dengan tim disainer. Pertama kali dia terlibat dengan proyek jet tempur Gen-3, dia menemukan Jet tempur Gen-3 dituntut harus bermobilitas tinggi, tapi persyaratan harus bisa berumur panjang dan memngangkat beban lebih banyak (overload), jauh melebih dari jet tempur Gen-2.


Pesawat dituntut harus ringan, karena ringan baru bisa menunjuk performance. Jadi ringan dan kekuatan struktural memiliki suatu yang kontradiksi. Memang disain pesawat Gen-3 banyak sekali hal yang berkontradiksi dan harus menimbang saling ber-trade-off. Â
Untuk menghitung stress dari setiap bagian dari keseluruh struktur, para peneliti mengembangkan perangkat lunak mereka sendiri. Membagi seluruh struktur pesawat menjadi unit-unit kecil, untuk menghitung stres unit masing-masing, ini merupakan untuk pertama kali bagi peneliti Tiongkok dalam mendisain pesawat secara besar-besaran dengan dibantu komputer menghitung sistem analisis struktural. Â Â
Zhang Lixin menceritakan: Bagaimana kita bekerja saat itu adalah berdiri sendiri/stand alone, operasi stand-alone, menyingkirkan semua modul komputer ke samping karena memori tidak mencukupi, maka ditancapkan lagi satu, CPU tidak mencukupi ditambah lagi memori, akhirnya semua unit komputer jadi jebol.