Paradigma Hubungan Islam dan Politik di Indonesia serta Etika Berpolitik dalam Al Quran dan Hadits

Dalam politik praktis, perbedaan cenderung NU dan Masyumi ini lebih ke arah aliansi dengan non partai-partai Islam daripada satu sama lain. 

NU tertarik pada Partai Nasionalis Indonesia (PNI), dengan populasinya, Jawa-sentris orientasi; Masyumi menemukan kerja sama dengan teknokrat Partai Sosialis (PSI) dan partai-partai Kristen berbasis pulau terluar. hanya di isu-isu Islam yang terang-terangan seperti Piagam Jakarta dilakukan NU dan Masyumi bekerja sama erat.

Ketika Indonesia menjadi bangsa dan negara baru, Islam tetap sebagai keyakinan utama. Belum diketahui bagaimana Islam tiba-tiba menjadi agama mayoritas dalam kurun waktu kurang dari satu abad. Namun, cara umat Islam Indonesia memaknai dan memahami agama berbeda. 

Perbedaan tersebut didasarkan pada latar belakang budaya yaitu begitu beragamnya Indonesia. Dalam apa yang disebut aliran (secara harfiah berarti 'aliran'), antropolog Amerika, Clifford Geertz mengklasifikasikan itu dalam Islam itu sendiri menjadi santri, abangan, dan abangan. Geertz mendefinisikan aliran sebagai "pola integrasi sosial yang komprehensif".  Doogue dan Kirkwood menjelaskan kategori ini :

Santri Muslim, secara harfiah berarti santri yang beragama Islam, yaitu muslim yang taat dan patuh dalam mengamalkan ajaran Islam. Awalnya istilah ini merujuk pada Muslim yang dididik di pesantren, tetapi sekarang mencakup semua orang yang percaya dan patuh serta mungkin belum tentu memiliki latar belakang pesantren;

Muslim abangan yang memadukan unsur-unsur keutamaan kepercayaan pribumi, animisme, Budha dan Hindu dengan Islam, dan mereka cenderung lebih nominal dan kurang berlatih sebagai Muslim;

Muslim Priyayi, termasuk bangsawan Jawa dan menggabungkan kepercayaan abangan dengan budaya keraton Jawa. Sejak kebangkitan global Islam pada 1970-an dan 1980-an, banyak penganut abangan dan priyayi telah menjadi santri, dan disana telah menjadi apa yang disebut 'santri-fiksi' Islam.

Diperdebatkan, kategori ini mungkin kurang relevan dalam situasi sosial budaya muslim Indonesia saat ini; namun, kita melihat pola politik preferensi umat Islam dalam dua pemilu terakhir, 2004 dan 2009, Kategori Geertz dapat dilacak. Hal ini terutama di dalam para pihak Islam. 

Bahkan, dikatakan bahwa meskipun dua pemilu saat ini (2004 dan 2009) menunjukkan kemenangan partai-partai nasionalis-sekuler nyata; pemilih muslim tradisional tetap memilih partai berdasarkan kategori ini, suara PPP, PKB dan PAN sebagian besar dari santri muslim.

Penting untuk dicatat bahwa Islam di Indonesia biasanya pluralistik. Islam plural/jamak di sini berarti tafsir Islam memiliki keberagaman bagi banyak muslim, yaitu, belum ada konsep tunggal tentang bagaimana agama berhubungan dengan negara-bangsa, misalnya sebagian besar adalah mazhab Sunni dan Syafi'i. Arus utama dari itu Pemikiran berbasis Sunni milik Nahdathul Ulama dan Muhammadiyah. 

Ada pandangan yang sangat marjinal Syiah. Tidak kurang penting adalah kenyataan bahwa keberadaan kepercayaan adat yang menggabungkan animisme dan Islam atau agama besar lainnya yang diakui, misalnya Hindu dan Budha. Kelompok-kelompok pribumi itu, yang terkadang diabaikan dan dipaksakan pada agama 'asing' selama Rezim Soeharto, kini menuntut haknya untuk eksis di hadapan negara.