Secara garis besar gejala kerusakan lingkungan yang mengancam kelestarian sumberdaya pesisir dan lautan di pesisir Pantai Kenjeran yaitu : pencemaran, degradasi fisik habitat, over eksploitasi sumberdaya alam. Sumber  pencemaran perairan pesisir Pantai Kenjeran terdiri dari limbah industri, limbah cair pemukinan (sewage), limbah cair perkotaan (urban stormwater), pelayaran (shipping), pertanian, dan perikanan budidaya.  Bahan pencemar utama yang terkandung dalam buangan limbah tersebut berupa: sediment, unsure hara (nutriens), logam beracun (toxic metals), pestisida, organisme eksotik, organisme pathogen, sampah dan oxygen depleting substances (bahan-bahan yang menyebabkan oksigen yang terlarut dalam air laut berkurang). Permasalahan yang dihadapi dalam pengelolaan wilayah pesisir, khususnya di Pantai Kenjeran yaitu Pemanfaatan ganda, pemanfaatan tak seimbang, pengaruh kegiatan manusia, dan pencemaran wilayah pesisir. Dengan kondisi kenjeran yang demikian, Ironisnya RTRW Kota Surabaya menetapkan kenjeran  menjadi areal pertumbuhan perekonomian sector wisata dengan obyek wisata bahari. Padahal jika meninjau dari tingkat pencemaran, banyak parameter pencemaran yang tidak sesuai denan baku mutu air laut untuk wilayah pariwisata. Misalnya saja kolirform yang jauh melebihi ambang batas (ambang batas adalah 1000jpt/100 ml, namun kenjeran mencapai 2,4 x 104), dengan status wisata bahari yan berarti menggunakan perairan laut untuk banyak aktifitas manusia seperti renang, kano, dan lain sebagainya, keberadaan total koliform yang begitu tinggi ini dapat mengakibatkan gangguan kesehatan yang serius terhadap masyarakat.
Berdasarkan KEPMEN LH No 112 Tahun 2003 tentang Baku Mutu  Air Limbah Domestik, air limbah domestic adalah air limbah yang berasal dari usaha dant atau kegiatan permukiman (estate), rumah makan (restaurant), perkantoran, perniagaan, industry, apartemen, dan asrama. Air limbah rumah tangga terdiri dari 3 fraksi penting, yaitu : Tinja (feces), berpotensi mengandung mikroba pathogen, air seni (urine), umumnya mengandung Nitrogen (N) dan Fosfor, serta kemungkinan kecil mikroorganisme Sewage Waste, ,masuk ke perairan laut melalui saluran pembuangan dan drainase di wilayah permukiman penduduk. Berdasarkan uji kualitas air buangan, yang diambil pada pipa septic tank di salah satu perumahan warga untuk mewakili karakteristik limbah domestic dan pencucian hasil perikanan, di kelurahan tambak wedi.Â
Kualitas air buangan yang berada pada effluent air buangan rumah tangga ini dapat diunakan sebagai pembanding dengan kualitas air laut sebagai badan air penerima akumulasi limbah domestic. Dampak Pembuangan Limbah Domestik ke Laut Kawasan Pantai Timur Surabaya merupakan salah satu kawasan yang mendapat perhatian khusus mengenai limbah. Tingginya volume limbah cair maupun padat yang terkandung di daerah ini, memberikan dampak yang besar kepada lingkungan dan keseharian masyarakat. Ditinjau dari sisi pengaruhnya, dampak limbah dapat dikategorikan sebagai berikut. :
- Â Dampak Lingkungan
- Kawasan pantai yang dipenuhi sampah, selain merusak keindahan juga dapat mempengaruhi kehidupan ekosistem. Banyaknya sampah yang terapung, selain menimbukan bau yang tidak sedap juga dapat menghalangi penetrasi cahaya yang masuk ke laut. Air laut berubah warna dan dasar laut tertutupi sampah sehingga berpengaruh pada kehidupan komunitas bentos. Jika hal ini dibiarkan, tidak menutup kemungkinan laut akan kehilangan habitat aslinya dan beberapa jenis makhluk hidup tidak mampu bertahan. Masuknya beban pencemar organic akan menurunkan kualitas oksigen terlarut, dengan demikian, kondisi perairan akan menjadi anoksik (kekurangan oksigen) yang akan berdampak pada kematian ikan masal. Masalah yang kedua adalah material organic akan menyebabkan kelimpahan nutrient, dimana ketika oksigen turun dan BOD naik, akan menghasilkan pengkayaan materi organic yang disebut eutrofikasi. Eutrofikasi ini dapat berakibat meledaknya kelimpahan plankton/algae (fitoplankton). Hal ini dapat mengakibatkan permukaan air laut berubah warna, menjadi warna yang sesuai dengan pigmen plankton ini. Kejadian ini biasanya dikenal sebagai Algae Blooms atau red tide, dimana beberapa diantaranya memiliki kadar toksisitas yang cukup tinggi, untuk itu lebih dikenal sebagai "Harmfull Algae Blooms (HABs)". HABs dan Red tide juga merupakan faktor terjadinya kematian ikan secara masal. Â Kondisi HABs dan Red Tide belum terjadi di perairan pantai kenjeran, namun dengan status pencemaran yang ada saat ini, Kenjeran berpotensi mengalami Red tide maupun HABs, seperti yang terjadi di teluk Jakarta (tahun 2004) dan teluk Lampung, dan mengakibatkan kematian ikan secara masal.
- Dampak Kesehatan
- Dampak pencemaran yang paling sering dirasakan oleh masyarakat diantaranya adalah dampak terhadap kesehatan. Timbunan sampah yang tidak tertangani dapat menjadi tempat pembiakan penyakit. Diare, kolera, tifus menyebar dengan cepat. Begitu juga dengan berbagai penyakit kulit yang biasanya datang bersamaan dengan genangan air yang membawa limbah. Lebih mengkhawatirkan  lagi, sepuluh tahun lalu, Ecoton (Lembaga Pengkajian Ekologi dan Lahan Basah) pernah merilis kandungan kadmium (Cd) dan merkuri (Hg) di perairan Kenjeran adalah yang tertinggi, mengalahkan kadar di Pantai California, Amerika, yang menjadi pusat industri besar dunia. Hal ini juga didukung oleh pernyataan Pusat Kajian Regional Gizi Masyarakat UI yang mencengangkan. Kandungan Hg pada darah ibu-ibu di Kenjeran mencapai 2,8 mg/l, jauh diatas ambang batas WHO yaitu < 1 mg/l. Juga hasil tes ASI para ibu yang menunjukkan kandungan timbal (Pb) sebesar 543,2 mg/l (normal: 5 mg/l) dan kadmium (Cd) ASI sebesar 36,1 mg/l (normal: < 20 mg/l). Bayangkan betapa hal ini mempengaruhi kesehatan serta tumbuh kembang bayi setiap harinya.Â
-
Beberapa kekhawatiran muncul akibat tingginya kadar logam berat di kawasan perairan kenjeran, diantaranya adalah adanya potensi Kenjeran sebagai tragedy Minamata ke II. Tragedy minamata terjadi di Teluk Minamata, Jepang. Adanya senyawa metyl-Hg ini dibuktikan dengan akumulasi metyl-Hg di ekstrak daging kerang dan sedimen habitat kerang mencapai 10-100 ppm, sedangkan di kanal pembuangan PT ChISSO yang merupakan contributor utama metyl-Hg tercatat konsentrasi metyl-Hg mencapai 2000 ppm. Kekawatiran tentang bahaya Minamata di Surabaya rupanya belum menjadi peringatan bagi pemerintah untuk melakukan upaya-upaya prefentif pada daerah-daerah pantai yang rawan pencemaran logam berat. Padahal Saat ini tingkat pencemaran logam berat jenis Cadmium (Cd) dan Mercuri (Hg) diperairan Kenjeran Pantai Timur Surabaya terbukti melebihi negara industri besar seperti Inggris dan Amerika. Peringatan bahaya Minamata sebenarnya sudah ada sejak tahun 1991, DR. Suharno Pikir, SKM, Mkes (alm) Merekomendasikan dalam penelitiannya bahwa lumpur Pamurbaya (Pantai Timur Surabaya) tercemar logam berat Cu Hg, Cd, Fe, Pb sehingga satwa yang tinggal dalam lumpur (benthos) seperti kupang, dan kerang, rawan untuk dikonsumsi karena kandungan logam berat dalam dagingnya sangat tinggi. Pada tahun 1993, lebih detail menunjukkan kadar logam berat Cd di Keputih merupakan kandungan Cd dalam lumpur terbesar di dunia yakni sebesar 1,575 ppm. Kadar Hg pada lumpur Keputih 1,485 ppm dan Kenjeran sebesar 0,605 (angka ini lebih tinggi dibandingkan kadar Hg dalam lumpur diperairan Southamton Inggris sebesar 0,48 -- 0,57 ppm dan Khusus untuk Keputih kadar Hg lebih tinggi dibanding Pantai California yang merupakan pusat industri berat tercatat hanya 0,02-1,0 ppm) Kemudian dampak pada manusia baru diketahui pada tahun 1996, oleh Daud Anwar SKM, Mkes. Dalam penelitiannya menunjukkan bahwa darah dari sampel warga Kenjeran/Sukolilo mengandung Cuprum (Cu) 2511,07 ppb dan Merkuri (Hg) 2,48 ppb.Kandungan Cuprum dalam darah warga Kenjeran ini telah melampaui ambang batas yang ditetapkan WHO/FAO yaitu 800-1200 ppb.
- Dampak Ekonomi
Penurunan kualitas lingkungan berbanding lurus dengan penurunan nilai suatu wilayah. Kandungan logam berat di perairan Kenjeran menjadikan beberapa jenis kerang dan ikan berbahaya untuk dikonsumsi dan tidak layak jual. Selain itu, akibat tercemarnya perairan, hasil tangkapan nelayan  mengalami penurunan signifikan. Laut yang kotor dan dipenuhi sampah akan menimbulkan keengganan para pengunjung untuk menjadikannya tempat tujuan wisata, yang berarti mengurangi peluang pemasukan bagi  masyarakat setempat. Seluruh dampak akan saling berkaitan satu sama lain, karena sifat dari pencemaran adalah multi dampak dan multi aspek. Misalnya dengan adanya informasi bahwa ikan dan kerangkerang kenjeran mengalami akumulasi bahan pencemar, dalam hal ini  logam berat, akan menimbulkan keraguan bagi masyarakat untuk membeli ataupun mengkonsumsi sea food dari pantai kenjeran. Padahal, hampir sepanjang jalan setelah Pantai Ria Kenjeran merupakan lokasi masayrakat berjualan ikan asap di pinggir jalan. Dengan adanya informasi ini, pendapatan masayrakat nelayan bisa berkurang signifikan, sedangkan untuk memenuhi kebutuhan sehari-hari semakin mahal (LPG, listrik, BBM, dll).
- Dampak Sosial
- Dampak sosial yang timbul bisa beragam. Diantaranya, bergesernya jati diri masyarakat pesisir yang semula hidup sebagai nelayan menjadi pekerja daratan seperti buruh, tukang bangunan, satpam, dll. Hal ini dikarenakan kehidupan di laut sudah tidak menjanjikan, hasil tangkapan menurun akibat pencemaran yang makin meluas. Kawasan pesisir juga dianggap kawasan kumuh  tempat bermuara seluruh sampah, sehingga menjadikan masyarakat pesisir senantiasa merasa terbelakang dan terpinggirkan.
Permasalahan ekonomi (pendapatan) akibat pencemaran yang terjadi menjadi perhatian khusus bagi Pemerintah Kota Surabaya. Berkurangnya tinkat pendapatan akan berdampak pada kehidupan tenggang rasa di lingkungan masayrakat, karena tuntutan masing-masing masayrakat sama. Ketika tidak dapat menhasilkan pendapatan normal, sehingga misalnya si anak yang intelegency (IQ) nya menurun, tidak dapat melanjutkan sekolah Karena tidak memiliki biaya, penurunan intelegency terhadap anak akan semakin jauh dari 4 poin (IQ). Tentunya, hal ini akan menjadi permasalahan bagi anak di masa mendatang, karena pilihan pekerjaan semakin terbatas, akhirnya akan melanjutkan kembali siklus hidp yang sama tanpa adanya perubahan sedikitpunProses Pengolahan Air Limbah tidak lepas dari Baku Mutu yang telah ada. Tanpa Baku Mutu tidak akan ada standart yang mengatur kualitas effluen yang diperbolehkan masuk ke badan air sehingga tidak ada keseragaman yang akan dicapai antara pihak-pihak yang terkait dengan proses pengolahan air limbah dan beban pencemar air tidak dapat dikontrol. Standar baku mutu untuk effluen air limbah dikeluarkan oleh Kementerian Lingkungan Hidup dan Pemerintah Daerah. Pada perencanaan bangunan pengolahan air limbah setempat ini digunakan Peraturan Gubernur Jawa Timur No. 72 tahun 2013 tentang Baku Mutu Limbah Cair Bagi Industri atau Kegiatan Usaha Lainnya di Jawa Timur. Baku Mutu digunakan sebagai batas maksimal yang tidak boleh dilampaui dari limbah cair tentang voume limbah per satuan produk atau per satuan bahan bau, kadar zat pencemar. Â Kualitas effluent limbah domestik pada baku mutu Peraturan Gubernur Jawa Timur No. 72 tahun 2013.
Tabel 3.1 Kriteria Baku Mutu Air Limbah Domestik
Parameter
Konsentrasi
Satuan
TSS