MK4 memperkenalkan tujuh karakter baru yang seru:
1. Fujin
2. Jarek
3. Kai
4. Quan Chi
5. Reiko
6. Shinnok
7. Tanya
Pada tahun 1999, tahun saat saya lahir, Mortal Kombat 4 di-update dan dirilis di Sega Dreamcast dengan tajuk Mortal Kombat Gold. Ini adalah satu-satunya game MK yang dirilis untuk Dreamcast.
Memasuki milenium baru, Mortal Kombat: Special Forces dirilis pada 29 Juni 2000 untuk Sony PlayStation. Ini adalah game Mortal Kombat kedua yang tidak bergenre fighting dan merupakan game spin-off 3D pertama. Di game ini pemain berperan sebagai Jax.
Pada tahun 2001, Mortal Kombat Advance dirilis untuk Nintendo Game Boy Advance. Ini adalah versi handheld untuk Ultimate Mortal Kombat 3. Sayangnya game ini mendapat tinjauan negatif.
Setahun kemudian, yaitu 2002, Mortal Kombat: Deadly Alliance dirilis untuk Microsoft Xbox, Sony PlayStation 2, Nintendo GameCube, dan Nintendo Game Boy Advance. Game ini adalah game Mortal Kombat pertama yang dirilis secara eksklusif untuk konsol rumahan, dan juga yang pertama tidak menampilkan Liu Kang sebagai playable character.
Cerita di game ini adalah, Quan Chi mengungkap dirinya sebagai pembunuh keluarga dan klan Scorpion, sebelum berusaha mengirimnya kembali ke Netherrealm.
Mortal Kombat: Deadly Alliance memperkenalkan sebelas karakter baru:
1. Blaze
2. Bo' Rai Cho
3. Drahmin
4. Frost
5. Hsu Hao
6. Kenshi
7. Li Mei
8. Mavado
9. Mokap
10. Moloch
11. Nitara
Pada tahun 2004, sebagai sekuel kepada Deadly Alliance, Mortal Kombat: Deception dirilis untuk Sony PlayStation 2, Nintendo GameCube, dan Microsoft Xbox. Cerita di game ini terpusat pada kebangkitan kembali Raja Naga, Onaga, yang berusaha menguasai realm di universe Mortal Kombat setelah mengalahkan Quan Chi dan Shang Tsung, antagonis utama di game sebelumnya, dan Raiden.
Sembilan karakter baru diperkenalkan di Mortal Kombat: Deception:
1. Ashrah
2. Dairou
3. Darrius
4. Havik
5. Hotaru
6. Kira
7. Kobra
8. Onaga (unplayable)
9. Shujinko
Tahun 2005, game spin-off Mortal Kombat kembali dirilis, kali ini dengan tajuk Mortal Kombat: Shaolin Monks. Pemain bermain sebagai Liu Kang dan Kung Lao, di game yang dirilis untuk Sony PlayStation 2 dan Microsoft Xbox ini.
Tahun 2006, Mortal Kombat: Armageddon dirilis sebagai sekuel untuk Mortal Kombat: Deception. Dirilis untuk Sony PlayStation 2, Microsoft Xbox, dan Nintendo Wii setahun kemudian, secara kronologis ini adalah game terakhir dalam storyline original Mortal Kombat. Dalam game ini, seorang pendekar bernama Taven dibangkitkan kembali dan melakukan sebuah perjalanan untuk mengalahkan saudaranya yang jahat. Perjalanan ini mengarah pada sebuah perang kiamat yang menjadi penentu nasib universe Mortal Kombat.
