Gus Dur adalah pemimpin yang bersih dan jauh dari korupsi. Â Tapi secara politik Gus Dur tidak menguasai 2 partai politik terbesar yaitu Golkar dan PDIP. Â Musuh politik Gus Dur bertambah sejak dirinya memecat Jusuf Kalla (Golkar) Â dan Laksaman Sukardi (PDIP) dari jajaran menterinya. Â
Secara komunikasi politik Gus Dur saat itu buruk dengan menyebut DPR sebagai Taman Kanak-kanak.  Ketegangan politik menjadi-jadi ketika  Gus Dur mengeluarkan  Dekrit Presiden yang akhirnya berbuntut Pemakzulan dirinya sebagai Presiden  oleh MPR.
Setelah Gus Dur dilengserkan , Â MPR melantik Wapres Megawati sebagai Presiden RI dan memerintah kurang dari 3 tahun sampai Pemilu 2004. Â
Hal terbaik dari zaman Megawati adalah didirikannya lembaga KPK yang bertugas khusus menangangi Korupsi-korupsi besar di negeri ini. Â Terbukti dan terbukti KPK menjelma menjadi Institusi yang cukup handal memberantas korupsi sehingga KPK menjadi institusi yang paling dipercaya rakyat.
Salah satu kegagalan pemerintahan Megawati adalah lepasnya Indosat yang dijual ke pihak asing.  Akan tetapi dibalik dari kekurangan Megawati, Gus Dur dan Habibie, ekonomi Indonesia tumbuh dengan baik selama pemerintahan 3 Presiden ini.  Pertumbuhan Ekonomi  selama tahun 1999-2004  membaik dari  1% akibat Krismon menjadi  5,1 %.Â
Kurs dollar membaik turun perlahan, Neraca perdagangan LN menjadi lebih baik dibanding akhir zaman Soeharto. Â Rakyat juga masih nyaman karena Subsidi pemerintah masih ada. Â Kondisi politik keamananpun cukup kondusif.
ERA PEMERINTAHAN SBY
Pemilu 2004 adalah Pemilu pertama yang memisahkan antara Pemilu Legislatif dan Pemilu Presiden. Â Dalam Pilpres 2004 secara spektakuler SBY yang didukung partai baru berdiri yaitu Partai Demokrat mampu mengalahkan Megawati yang didukung PDIP dan Golkar yang sedang berkuasa. Â Secara Politik SBY memang sosok yang mampu merangkul hampir seluruh kalangan.
Periode pertama SBY (2004-2009) berjalan sangat baik. Meskipun berlatar-belakang Militer SBY menciptakan suasana Demokrasi yang kondusif. Â Pihak Oposisi diberi hak untuk bersuara dan mengkritisi pemerintahan yang ada. Â Situasi politik dan keamanan sangat baik dan penegakkan hukum sangat baik.
Ekonomi tumbuh diatas rata-rata 6,3 % per tahun. Subsidi terjaga dan inflasi masih dalam batas normal. Â Industri tumbuh dengan baik, infrastruktur secara proporsional dibangun dan Neraca Perdagangan LN cukup baik sehingga secara umum mayoritas rakyat cukup puas. Dan ini terukur sekali pada Pilpres 2009 dimana SBY terbukti mampu memperoleh 60% suara dalam 1 Putaran.
Periode Kedua SBY (2009-2014) pertumbuhan ekonomi turun sedikit menjadi rata-rata 6% per tahun. Â Hal itu cukup terasa di kalangan masyarakat bawah karena daya beli sedikit menurun.Â