Gusdur yang terpilih sebagai Presiden dalam sidang umum 1999 membuat beberapa kebijakan penting yang belum dilakukan oleh Habibie pada masanya untuk menyelesaikan problematika orde baru seperti pembubaran Departemen Penerangan, senjata utama rezim Soeharto dalam menguasai media dan pembubaran Departemen Sosial yang korup.
Selain itu, ia kembali memulihkan hubungan dengan RRt dan menyelesaikan masalah Gerakan Aceh Merdeka dan Operasi Papua Merdeka. Aceh dan Irian Jaya diberikan otonomi khusus termasuk Pergantian nama dari Irian menjadi Papua serta tetap pengibaran Bendera Bintang Kejora.
Gus Dur benar-benar bertekad menyelesaikan problem-problem warisan orde baru seperti pelanggaran HAM dan korupsi. Wiranto diminta mengundurkan diri dari jabatan Menteri Koordinator Bidang Politik dan Keamanan karena tuduhan pelanggaran HAM di Timor-Timur.Â
Gus Dur memecat Jusuf Kalla yang menjabat sebagai Menteri Negara Perindustrian dan Perdagangan pada saat itu. Kemudian Laksamana Sukardi pun mengikuti jejak Jusuf Kalla, dipecat dari jabatannya sebagai Menteri Negara BUMN.
Menurut Gus Dur, Jusuf Kalla dan Sukardi terjerat dalam kasus korupsi, meskipun tidak ada bukti yang kuat untuk mendukung keputusannya tersebut.
Akibat dari semuanya ini, hubungan Gus Dur dengan beberapa politisi tidak membaik. Golkar dan PDI-P mulai menjauh dan berubah haluan untuk menjatuhkan Gus Dur.
Ditengah lawan politik yang semakin banyak, Gus Dur tetap bekerja untuk mereformasi sistem pemerintahan dan politik di Indonesia. Salah satu agenda pentingnya adalah reformasi militer dengan mengeluarkan militer dari ruang sosial-politik.
Reformasi itu ditandai dengan pengangkatan Agus Wirahadikusumah sebagai Panglima Kostrad. Pada Juli 2000, Agus mulai membuka skandal yang melibatkan Yayasan Dharma Putra yang memiliki hubungan dengan Kostrad.
Rupanya, usaha Gus Dur melalui kehadiran Agus di Kostrad ditentang habis-habisan oleh TNI. Saat itu, Gus Dur mulai merasakan tekanan-tekanan untuk mencopot Agus dari jabatannya. Akan tetapi, Gus Dur tetap bersikeras untuk mengangkat Agus sebagai Kepala Staf Angkatan Darat sehingga tekanan pun semakin menjadi-jadi sehingga rencana tersebut gagal dilakukan.
Salah satu dari tekanan-tekanan TNI adalah mempersenjatai laskar jihad untuk membantu orang muslim dalam konflik agama di Maluku. Darurat militer pun terjadi di Maluku. Pengibaran Bendera Bintang Kejora di Papua yang menuai pro-kontra dan serangan bom terhadap beberapa gereja di sejumlah kota di Indonesia.
Akibatnya, banyak elit politik yang mulai berusaha untuk melengserkan Gus Dur. Salah satunya adalah Amin Rais. Meskipun demikian, Megawati masih membela Gus Dur dan Akbar Tandjung masih memilih menunggu pemilihan umum 2004.
