Ada pemikiran gila untuk mengurangi biaya BBM di kapal-kapal besar. Pertama redesain rute kapal. Saat ini kapal-kapal Pelni menjalani rute sangat panjang.Â
Beberapa diantaranya dari Jakarta-Surabaya-Makasar-Ambon-Sorong-Biak-Manokwari-Jayapura. Bitung-Makasar-Surabaya-Tanjung Priok-Tanjung Pinang. Sedangkan load faktor penumpang yang harus diantar belum tentu sesuai kuota minimal. Sehingga biaya dan pendapatan penumpang tak seimbang.
Perjalanan kapal dalam 1 voyage rata-rata 14 hari dengan perjalanan non stop menyinggahi beberapa pelabuhan. Kapal Pelni yang sudah haritage  dipaksa terus melaju di atas lautan untuk merangkai nusantara menyatukan Indonesia.Â
Dengan pengguna yang makin berkurang, pengorbanan biaya tidak sebanding dengan pemasukan, namun Pelni harus hadir untuk negeri. Berbagai inovasi untuk berhemat BBM dilakukan perusahaan transportasi laut ini agar biaya efisien.
Sebagai gambaran, biaya bahan bakar untuk  1 kapal tipe 2000 pax dalam 1 voyage pelayaran dari Tanjung Priok, Jakarta  ke Jayapura, Papua. Atau dari Bitung-Makasar-Surabaya-Tanjung Priok-Tanjung Pinang, biayanya  antara  Rp2,73 miliar  sd Rp3,35 miliar.  Dalam setahun kapal berlayar 26 voyage,  biaya BBM dalam satu tahun  setara Rp 85,5 miliar untuk 1  kapal, dalam setahun biaya BBM  untuk seluruh kapal bisa mencapai lebih dari Rp 2 triliun.
Biaya-biaya tersebut baru biaya BBM. Karena operasinal kapal  penumpang yang mengangkut  orang dalam jumlah besar, maka terdapat pula biaya air tawar kebutuhan MCK. Kemudian  biaya ABK dan lainnya. Untuk itu Pelni harus berusaha memangkas biaya BBM dan biaya lainnya dengan cara gila, salah satunya dengan mengubah rute beberapa kapal jarak jauh menjadi jarak rute pendek. Caranya kapal- kapal dioperasikan dengan pola  cluster-cluster pelayanan.
Perubahan rute kapal dari jarak jauh dengan rute-rute jarak menengah dan jarak pendek pernah diwacanakan Pelni. Eksekusinya sudah mulai diwujudkan dengan memadukan jadwal KM.Â
Kelud rute Tanjung Priok-Batam-Tanjung Balai Karimun-Belawan dengan KM. Dorolonda semula KM. Doronlonda harus ke Tanjung Pinang, kini KM. Dorolonda cukup sampai Tanjung Priok. Penumpang harus transit berganti kapal dan meneruskan dengan KM. Kelud ke Tanjung Pinang.
Upaya mensinergikan antar rute kapal merupakan upaya perseroan mengurungi biaya BBM dan mengurangi rute kapal yang terlalu jauh. Dengan perubahan rute per cluster, bagi Pelni beban operasionalnya akan turun. Bagi armada, kapal sepuh  tidak dipaksa melayari jarak dengan sangat jauh. Sedangkan bagi pelanggan, frekuensi kapal akan lebih  sering. Kekuranganya pelanggan harus transit, naik turun membawa barang bawaan saat pindah kapal. Â
Salah satu keluhan pelanggan  Pelni adalah  waktu tunggu yang terlalu lama, sehingga pelanggan  harus menunggu minimal  2 minggu baru ada kapal. Pola ini harus dirubah dengan perubahan rute cluster, dengan pola ini  kapal bisa tiba 5 hari sekali, sehingga penumpang tidak menunggu terlalu lama. Dengan pola ini ada kemungkinan pengguna kapal akan bertambah karena frekuensi kapal yang makin sering.
      Pelni Perlu Armada Baru
