Dalam menjalankan usahanya, biaya-biaya operasi dikelompokkan menjadi beberapa komponen utama terdiri; biaya bahan bakar, biaya air tawar, biaya pemeliharaan, biaya anak  buah kapal (ABK), biaya permakanan penumpang, biaya permakanan ABK, biaya pemasaran, biaya kepelabuhanan  dan biaya lainnya.
Komponen biaya BBM merupakan komponen paling besar dari seluruh biaya perseroan. BBM menyedot biaya rata-rata hampir 45 % dari pendapatan Pelni. Bila harga BBM naik, maka pengeluaran biaya BBM akan sangat terasa bagi Pelni, meskipun Pelni menggunakan BBM bersubsidi.
Tingginya konsumsi BBM dipengaruhi beberapa hal diantaranya ukuran kapal Pelni yang cukup besar, trayek yang dilintasi dan pelabuhan singgah, usia kapal yang tidak lagi muda serta teknologi mesin perkapalan yang sudah ketinggalan jaman dan boros BBM dibanding kapal-kapal terbaru dengan bahan bakar gas yang sudah mulai diterapkan dalam teknologi perkapalan.
Armada Yang Tak Lagi Remaja
Armada  kapal Pelni saat ini 66 % berusia  di atas 20 tahun dengan 2 kapal masing-masing  KM. Umsini (1985) dan KM. Kelimutu (1985). Pada tahun 2020  ini 2 kapal  usianya sudah mencapai  35 tahun. Sedangkan kapal termuda,  KM. Gunung Dempo yang dioperasikan Pelni sejak  2008 jaman Pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yidhoyono (SBY).
Armada Pelni terus berkembang. Jumlah armada  pada tahun 2015 sebanyak 31 kapal, terdiri 1 kapal tipe 3000 pax, 11 kapal tipe 2000 pax, 9 kapal tipe 1000 pax, 3 kapal tipe 500 pax, 2 kapal Roro dan 3 kapal barang. Pada 2016 Pelni mendapat penugasan mengoperasikan 52 kapal perintis untuk  46 trayek. Kemudian  5 kapal Kandhaga,  9 kapal barang, 1 kapal ternak, 18 kapal Rede. Secara total ada 113 unit kapal yang dioperasikan Pelni. Dari total armada yang dioperasikan 94 % merupakan angkutan penugasan pemerintah untuk melayani warga di seluruh pulau di Nusantara.
Upaya Berhemat BBM
Bertambahnya armada disatu sisi akan meningkatkan pendapatan perseroan, namun di sisi lain juga akan menyerap biaya BBM lebih tinggi. Berapa pun pendapatan Pelni bila biaya BBM sudah mencapai hampir  50 persen, tentu harus dicarikan solusinya meskipun dengan  ide gila, cara gila  bagaimana berhemat agar hasilnya  fantastis untuk Pelni.
 Upaya mengatasi biaya BBM, Pelni telah melakukanya sejak 2014 silam. Caranya dengan menurunkan kecepatan kapal dan memperbaiki sistem pengawasan pengisian BBM bersama Sucofindo.Â
Cara berikutnya Pelni pernah berencana mengganti  BBM dengan BBG untuk mesin motor bantu, bahkan Pelni telah melakukan sinergi BUMN dengan PT Perusahaan Gas Negara (PGN) Tbk, namun hingga kini belum terealisasi. Mungkin bila MoU Pelni-PGN  dapat berjalan dan  motor bantu di seluruh kapal berbahan bakar gas, sudah terjadi penghematan biaya BBM.
Hemat BBM Dengan Redesain Trayek Kapal
