Sedang kapal perang AS yang terlibat dalam kecelakaan tersebut telah kembali ke pangkalan Yokosuka AS di Kanagawa.
Karena kapal perang dilengkapi dengan sistem radar pertahanan rudal dan balistik yang sangat diklasifikasikan , juga karena faktor-faktor seperti "US-Japan Status of Forces Agreement" dan faktor lainnya, MLIT Jepang menyatakan bahwa Jepang merasa tidak berdaya dalam penyelidikan, Dan cukup sulit membuat militer AS bekerja sama untuk melakukan  investigasi tersebut.
Memang AS selalu menolak untuk bekerja-sama untuk melakukan investigasi meskipun banyak kecelakaan maritim yang terjadi di Jepang atau Korsel dengan alasan bahwa kapal tersebut memiliki fasilitas yang klasifikasi (dirahasiakan) atau beberapa dokumen rahasia yang tidak dapat diungkap, sehingga tidak memungkinkan pihak dari Jepang atau Korsel untuk menaiki kapal mereka. Kali ini, juga tidak diizinkan Jepang untuk naik ke kapal kecelakaan untuk mendapatkan log navigasi kapal atau memeriksa catatan komputer untuk mengetahui apakah ada alarm, APAR, alarm dari radar penghindar tabrakan (radar avoidance), apakah radar navigasi itu akurat atau memiliki alarm. Hasil alarm ini harus ada di log navigasi kapal dan juga di komputer, atau seharusnya ada catatan tentang sinyal mereka.
Jika AS tidak mau bekerja sama atau mengizinkan mereka untuk menyelidiki, akan sulit untuk membuat sebuah kesimpulan.
Menurut "Peraturan Internasional untuk Mencegah Tabrakan di Laut", ketika dua kapal berlayar menyusuri intersecting paths (jalur saling memotong), kapal yang dapat melihat kapal lain dari sisi ajungan (kanan/ Sisi kapal yang ada di sebelah kanan saat seseorang menghadap ke depan) memiliki tugas untuk menghindari tabrakan.
Karena itu, hubungan posisi kapal perang AS dan kapal komersial Filipina, dan juga jalurnya, apakah ada pengintai yang memadai akan menjadi fokus dari penyelidikan ini.
Meskipun hasil penyelidikan belum ditentukan, berdasarkan posisi tabrakan, serta jenis kapal dan rute pada saat itu, kapal perusak rudal AS kemungkinan akan menjadi pihak yang sebagian besar bertanggung jawab, karena akan terjadi sangat dicurigai dengan memotong jalur kapal lainnya.
Secara umum, berdasarkan "Peraturan Internasional untuk Mencegah Tabrakan di Laut" ("International Regulation for Preventing Collision at Sea") Jepang dapat menyimpulkan bahwa tanggung jawab kapal AS lebih besar, karena berdasarkan peraturan tersebut, kapal yang dapat melihat sebuah kapal yang mendekat dari sisi kanan harus secara aktif melakukan tindakan untuk menghindari. Â Dan saat kapal AS dan Crystal bertabrakan, Crystal berada di sisi kanan kapal AS. Dan kapal AS seharusnya bisa menyimpulkan bahwa keduanya ada di jalur yang berpotongan, dan ada kemungkinan mereka akan bertabrakan, dan dengan kemungkinan itu, mereka seharusnya melakukan tindakan untuk mencegah tabrakan satu, dua, atau tiga kilometer sebelumnya.
Juga, jika alarm radar berbunyi, mereka pasti bisa segera mengambil tindakan atau melambatkan laju kapal, namun tampaknya mereka tidak melakukan tindakan apa pun.
Meskipun penyebab kecelakaan tersebut sedang diselidiki, seorang pejabat senior Kementerian Pertahanan Jepang mengatakan bahwa karena "US-Japan Status of Forces Agreement," AS memiliki prioritas yurisdiksi, dan karena kapal perusak AS yang sangat canggih kemampuannya dan "sepenuhnya diklasifikasikan, pejabat ini tidak percaya AS akan mengizinkan Jepang untuk menyelidiki dan mengungkapkan tingkat kerusakannya.
Selain itu, "Kyodo News" yang berbasis di Jepang pernah dalam sebuah laporannya melaporkan bahwa dalam sebuah kecelakaan dimana sebuah pesawat angkut militer AS Osprey jatuh di  laut dekat Okinawa pada bulan Desember yang lalu, Penjaga Pantai (Coast Guard) Jepang menuntut agar militer AS mau menerima penyelidikan atas kecurigaan terhadap pelanggaran hukum dan "Menghukum Perilaku Pesawat Yang Membahayakan," namun militer AS melakukan penyelidikan sendiri untuk menutupi pesawat tanpa ada tanggapan. Berdasarkan hal tersebut, Kyodo News mengatakan bahwa akan sulit untuk memperkirakan berapa banyak Jepang bisa mengklarifikasi tentang asal mula tabrakan ini.
