Pembangunan Stad Batavia (kota Batavia) terjadi bertahap. Jayakarta diratakan tanah, dan dibandung benteng atau Kasteel. Bagian depannya digali parit.
Belangnya gudang, juga dikitari parit, pagar besi dan tiang-tiang kuat. Selama delapan tahun, kota Batavia meluas tiga kali lipat. Pembangunan Batavia, baru usai tahun 1650.
Sultan Agung penguasa Mataram, yang selalu menentang maskapai kumpeni, sempat menyerang Batavia pada (1628-1629). Pasukan Mataram pun menghimpun kekuatan dari wilayah yang kini di Jakarta disebut Matraman, mengepung dan menyerang "Benteng Pendem" (Benteng Van den Bosch).Â
Meski Sultan Agung gagal, akan tetapi banyak anggota pasukan Kumpeni yang mati karena wabah penyakit, tak bisa keluar dari benteng tersebut.
Pada 1 April 1905, Stad Batavia diubah menjadi Gemeente Batavia, kemudian 1935 jadi Stad Gemeente Batavia. Dan setelah pendudukan Jepang pada (1942), oleh Jepang diubah menjadi Djakarta.
Rentang panjang sejarah Jakarta ini sempat merumitkan warganya untuk menentukan, kapan sebenarnya Hari Jadi Jakarta. Â Apakah mulai Tarumanagara, Pajajaran, pendudukan Demak-Cirebon, berdirinya Batavia, atau diproklamirkannya Djakarta oleh Jepang?
Menyadari kekisruhan pikir itu, Wali Kota Jakarta Sudiro (1953-1958) pun memanggil sejumlah ahli sejarah di antaranya Mr Mohamad Yamin dan sejarawan lulusan Leiden Dr Sukanto, serta wartawan senior Sudarjo Tjokrosiswoyo agar mereka meneliti, kapan Jakarta (Jayakarta) didirikan oleh Fatahillah.
Ditentukan tahunnya, 1527 saat laksamana Fatahillah menaklukkan Pajajaran atas Sunda Kalapa. Dr Sukanto menyerahkan naskah berjudul "Dari Jayakarta ke Jakarta". Menurut perkiraan Dr Sukanto, tanggal 22 Juni 1527 adalah hari paling dekat kenyataan saat dibangunnya kota Jayakarta oleh Fatahilah.
Naskah itu diserahkan Sudiro ke Dewan Perwakilan Kota. Tepat 22 Juni 1956, Sudiro pun mengajukan dengan resmi usulan Dr Sukanto itu dalam sidang pleno Dewan Perwakilan Kota. Dan usul itu diterima secara bulat, bahwa 22 Juni 1527 saat Faletehan mendirikan kota Jayakarta, sebagai hari jadi Kota Jakarta.
Status Jakarta sebagai Ibu Kota Negara Kesatuan Republik Indonesia, baru diatur secara juridis melalui Undang-undang (UU) No 29 tahun 2007 di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
Tetapi di era Presiden Joko Widodo, Â tepatnya pada 15 Februari 2022, melalui UU IKN (Ibu Kota Negara) status Jakarta ini hanya diberi tenggang waktu dua tahun untuk dicabut dan tak berlaku lagi sebagai Ibu Kota Negara.
