Pelabuhan Jayakarta jatuh dan direbut oleh maskapai dagang yang dimotori Belanda, VOC, pada (1619) oleh Jan Pieterszoon Coen. Orang-orang Banten dan Demak, Cirebon, yang tadinya menduduki Jayakarta, mereka menyingkir ke Banten.
VOC, pada (1619) mendirikan benteng atau Kasteel dan ibu kota perdagangan VOC pun dimulai di sini. Sisi utara Kasteel, masih digenangi air sehingga banyak bangunan baru VOC didirikan di atas genangan dengan teknologi tiang pancang.
Di sisi timurnya, dibangun komplek pergudangan, serta Stadsherberg atau semacam resto dan penginapan bagi para penumpang kapal yang baru mendarat di Kleine Boom (pohon kecil) sebutan pelabuhan eks Sunda Kalapa waktu itu.
Menurut sejarawan dan rohaniawan Adolf Heuken SJ, daerah sekitar "pulau" di pertigaan sungai di Pasar Ikan Jakarta Utara kini, adalah bagian tertua kota Batavia. Meski kini sudah padat dengan perubahan, perkantoran dan hunian, namun jejak Batavia lama ini masih bisa ditelusuri saat ini.
Di sebelah selatan dari pulau Pasar Ikan itu, di Jalan Tongkol, pernah berdiri Kasteel Batavia (1618-1809). Di sebelah baratnya, nampak Menara Syahbandar (1839) di dalam tembok Bastian Culemborg (1645).
Di belakangnya, dibangun gedung-gedung Galangan Kapal VOC. Komplek Westzydsche Pakhuizen (Gudang Westzydsche, kini Museum Bahari) dulu dihubungkan dengan pulau Pasar Ikan  dengan sebuah tanggul yang berfungsi sebagai jalan. Sayang, seluruh kali di antara Pasar Ikan dan Museum Bahari kini ditimbuni sampah yang berbau busuk.
Asal Nama Batavia
Nama Batavia itu sendiri dipakai oleh VOC sejak sekitar 1621 sampai 1942, saat Hindia Belanda jatuh ke tangan Jepang. Sebagai bagian dari de-Nederlandisasi di masa Jepang dan sesudahnya, maka nama Batavia pun diganti menjadi Djakarta -- masih pakai ejaan lama.
Nama Batavia berasal suku Batavi, sebuah suku Jermanik yang bermukim di tepi sungai Rhein pada masa Kekaisaran Romawi. Bangsa Belanda dan sebagian orang Jerman, berasal dari keturunan suku ini. (Bijdragen tot de taal, land en volkenkunde van Nederlandsch-Indie, M Nijhoff, 1855).
