Masih terdapat kesenjangan yang cukup signifikan antara jumlah pejabat yang sudah tersertifikasi dengan yang belum memiliki sertifikat kompetensi. Hal ini menciptakan risiko operasional bagi banyak satuan kerja menjelang tenggat waktu implementasi.
2. Keterbatasan Sumber Daya Manusia
Permasalahan klasik satuan kerja berupa keterbatasan SDM, baik dari segi kuantitas maupun kualitas, menjadi hambatan utama. Sebagian satker hanya memiliki sedikit pegawai di bagian keuangan, sehingga satu orang harus menangani berbagai tugas dan aplikasi keuangan sekaligus.
3. Beban Kerja Tinggi
Tingginya beban kerja operasional menyebabkan PPK dan PPSPM belum mempunyai waktu yang cukup untuk mengikuti pelaksanaan sertifikasi kompetensi. Prioritas pada tugas-tugas harian seringkali mengalahkan kepentingan jangka panjang seperti peningkatan kompetensi.
4. Kurangnya Dukungan Organisasi
Beberapa PPK dan PPSPM belum mendapatkan arahan yang jelas dari pimpinan untuk melakukan pendaftaran pelaksanaan sertifikasi kompetensi, menunjukkan lemahnya komitmen organisasi terhadap pengembangan SDM.
5. Kesenjangan Digital
Tidak semua pejabat memiliki kemampuan teknologi yang memadai untuk mengakses sistem digital dan platform pembelajaran online yang digunakan dalam proses sertifikasi.
6. Keterbatasan Akses Informasi
Masih ada satuan kerja di daerah terpencil yang mengalami kesulitan akses informasi terkait prosedur, jadwal, dan persyaratan sertifikasi yang terus berkembang.