Selain itu, badak banyak diburu secara ilegal. Cula badak menjadi incaran para pemburu liar. Cula badak dipercaya mempunyai khasiat obat. Cula badak juga menjadi simbol status sosial di etnis-etnis masyarakat teretentu.
Tentu saja, hal ini membuat nilai ekonomi badak menjadi tinggi. Ironisnya, perburuan masih terjadi hingga saat ini. Contohnya, para pemburu liar di TNUK telah ditangkap  tahun 2024 lalu dan dijatuhi vonis pada Februari 2025 lalu dengan vonis 12 tahun penjara.
Para pemburu tersebut telah membunuh 26 Badak Jawa dengan senjata api rakitan. Para pemburu liar tersebut berjumlah 14 orang yang terdiri atas dua kelompok pemburu (Kompas.id, 13 Juni 2024).
Selain perburuan liar, ancaman utama kepunahan Badak Jawa ini adalah populasi yang sangat kecil sehingga menyebabkan rendahnya keragaman genetik sebagai akibat peningkatan perkawinan sedarah. Kondisi ini dapat mengancam kelangsungan kelestarian spesies Badak Jawa ini.
Perkawinan sedarah (inbreeding) ini bisa menimbulkan penurunan kualitas genetik berupa cacat fisik, misalnya seperti kuping teriris, ekor bengkok dan sebagainya. Hal ini bisa meningkatkan resiko kepunahan karena keturunan Badak Jawa akan lemah dan kurang mampu bertahan hidup.
Di sisi lain, hal ini bertambah rumit dengan sifat alami bawaan badak yaitu jarak melahirkan bayi itu hanya satu kali dalam kurun waktu 5 tahun. Itu pun jumlah anak badak yang dilahirkan hanya satu ekor dengan masa kehamilan selama 16 bulan. Dengan tingkat reproduksi yang lamban ini, Â pertumbuhan populasi Badak Jawa ini tidak pesat.
Karena sifatnya yang soliter, kadang badak jantan dan badak betina ini sukar bertemu untuk kawin. Jadi, bisa dibayangkan betapa susahnya badak ini beranak pinak. Wajar saja populasi Badak Jawa ini sedikit dan diambang kepunahan.
Upaya agar Badak Jawa tidak punah dilakukan melalui perlindungan  dan penjagaan habitat secara langsung melalui patroli rutin untuk menjaga kawasan hutan TNUK. Dan baru saja di Agustus 2025 lalu, Pemerintah Indonesia melalui Kementerian Kehutanan menjalankan program translokasi Badak Jawa dari habitat liarnya di TNUK ke kawasan khusus konservasi yang lebih terkendali dan lebih aman di dalam TNUK.
Kawasan khusus itu dinamai Javan Rhino Study and Conservation Area (JRSCA). JRSCA masih berupa habitat alami Badak Jawa dan dikelola dengan dibuatkan pagar. Tujuannya untuk pengembangbiakkan Badak Jawa sehingga mudah terkontrol, terpantau dan lebih aman.
Tujuan pengembangbiakkan ini agar Badak Jawa bisa mempunyai keturunan yang secara genetik bukan dari percampuran darah sejenis. Dalam lokasi JRSCA, lokasi penempatan badak jantan dan badak betina tidak berjauhan sehingga lebih cepat bertemua untuk kawin. Hal ini mengingat sifat alami badak yang penyendiri.
JRSCA ini dikelola dengan luas 5.100 hektar di dalam kawasan TNUK. JRSCA ini difungsikan sebagai area habitat untuk membentuk populasi baru Badak Jawa yang lebih berkelanjutan secara genetis. Dengan adanya pagar pengaman, maka diharapkan peluang perkawinan alami Badak Jawa dapat ditingkatkan karena badak jantan dan badak betina tidak akan sulit bertemu untuk kawin.
