Di Danau Pulau Besar ada empat pulau masing-masing Pulau Besar, Pulau Tengah, Pulau Bungsu dan Pulau Beruk. Keempat pulau ini terbentuk dari endapan atau sedimen. Karena itu keempat pulau ini menjadi sangat unik.
Jika angin bertiup kencang dan debit air danau bertambah maka pulau-pulau ini bergeser ke lokasi lain. Ini disebabkan endapan atau sedimen yang membentuk keempat pulau itu tidak menyatu dengan gambut di dasar danau
Keempat pulau unik di Danau Pulau Besar itu memang tidak pernah dihuni manusia. Kendati begitu, Pulau Beruk justeru menjadi destinasi favorit bagi pengunjung terutama wisatawan lokal. Pasalnya Pulau Beruk dihuni ribuan ekor beruk tak berekor.
Danau Pulau Besar menjadi habitat ikan-ikan yang memiliki nilai jual tinggi seperti arwana (scleropages forosus), ikan patin (pangasius hypothalamus). Bahkan Danau Pulau Besar juga menjadi habitat bagi ikan yang dilindungi seperti ikan belida (chitala hypselonotus)
Danau Bawah dan Danau Pulau Besar merupakan hamparan Danau Zamrud. Kawasan Danau Zamrud dan kawasan hutan sekitarnya, dulu merupakan kawasan Suaka Margasatwa Danau Zamrud yang ditetapkan melalui SK Menteri Pertanian Nomor 846/UM/lI/1980 tanggal 25 November 1980
Status suaka margasatwa untuk kawasan ini dipertegas lagi melalui SK Menteri Kehutanan dan Perkebunan Nomor : 668/Kpts-II/1999 tanggal 26 Agustus 1999 dengan luas 28.237,95 hektar. Namun setelah terbentuk Pemerintah Kabupaten Siak, kawasan ini diusulkan menjadi taman nasional
Usulan ini diajukan melalui  surat Bupati Siak No. 364/Dishut/205/2005 tanggal 9 Juni 2005. Dalam surat bupati diusulkan pula penambahan luas kawasan dengan alasan taman nasional akan dibagi menjadi zona pemanfaatan, zona penelitian, zona pendidikan dan zona pariwisata
Akhirnya pada tahun 2016, usulan Bupati Siak ini disetujui Menteri LHK.. Melalui SK Nomor. 350/Menlhk/Setjen/PLA.2/5/2016 tanggal 4 Mei 2016, Men LHK, Siti Nurbayah menggabungkan HPT Tasik Besar Serkap ke dalam kawasan Taman Nasional Danau Zamrud
Atas penggabungan itu terjadi penambahan luas Taman Nasional Danau Zamrud menjadi 31.480 hektar. Luas ini terdiri dari hamparan Danau Zamrud dan kawasan hutan sekitarnya seluas 28.238 hektar serta HPT Tasik Besar Serkap seluas 3.242 hektar
Kendati Pemkab Siak telah berhasil merubah fungsi kawasan Suaka Margasatwa Danau Zamrud menjadi taman nasional, namun Pemkab Siak tentu tidak bisa pula sepenuhnya merubah kawasan ini menjadi objek wisata komersial
