Mataram Islam meninggalkan jejak kebesarannya melalui situs-situs yang ditinggalkan. Jejak itu mengurai sejarah Mataram Islam dari masa awal, perkembangan, kebesaran, masa suram, sampai keruntuhannya. Salah satu jejak masa suram Mataram Islam adalah situs Pleret. Mengapa? Sebab bermula dari Plered, perlahan-lahan kekuasaan Mataram mengalami kemunduran.Â
Plered merupakan kota kerajaan Mataram setelah Kota Gede dan Kerta. Dalam penelitian Balai Arkeologi Yogjakarta, benteng keraton Plered masih digunakan sebagai salah satu pertahanan pasukan Diponegoro (Ari Setyastuti,dkk: 26). Berdasar fakta ini, maka Plered menjadi bukti adanya estafeta pemerintahan dan kekuasaan Mataram Islam.
Situs Plered menjadi bukti adanya praktik kekuasaan raja yang tidak hanya otoriter dan sewenang-wenang, namun juga menjadi saksi bisu praktik kekuasaan yang "biadab dan ugal-ugalan". Betapa tidak, pada periode inilah terjadi pembunuhan secara sadis kepada elit kerajaan berikut pendukung bahkan keluarganya, yang dianggap mengancam kekuasaan raja.
Maka, dalam periode ini, Mataram Islam ternoda akibat kekuasaan buta sang raja. Oleh sebab itu, pada masa ini, Mataram Islam berada pada era kegelapan. Dan, pada periode ini (Plered), merupakan titik awal robohnya kekuasaan Mataram Islam.
Jejak Arkeologis Situs Plered
Situs Plered meninggalkan beberapa jejak arkeologis yang masih dapat diamati. Jejak yang ada sebagian besar berupa reruntuhan, yang masih utuh sepertinya hanya makam Ratu Malang yang berada di Gunung Kelir. Beberapa situs itu antara lain: pondasi keraton, pondasi benteng, beberapa sisa tanggul, pagar, dan toponim yaitu nama-nama daerah lama yang masih bisa dilacak. (Ari Setyastuti, dkk:116).
Melalui papan informasi di Situs Plered, Dinas Pendidikan dan Kebudayaan DIY menjelaskan bahwa Masjid Agung Plered (masyarakat menyebut Masjid Kauman Pleret), disebut juga Masjid Ngeksiganda.
Masjid ini merupakan masjid kerajaan, seperti masjid Agung Mataraman Kotagede. Masjid ini juga difungsikan sebagai tempat ibadah raja, bangsawan, maupun rakyat Mataram pada saat itu.