Pada bulan Desember 1979, Uni Soviet menginvasi Afghanistan dan mengangkat Babrak Karmal, mantan pemimpin PDPA yang memisahkan diri darinya dan membentuk partai Banner, sebagai Presiden Afghanistan.
Rezim Komunis dan kehadiran pasukan Soviet di depan pintunya adalah alasan utama keterlibatan Pakistan dalam urusan Afghanistan.
Pakistan selalu takut akan Afghanistan yang damai, stabil dan kuat. Karena banyak bagian dari Pakistan adalah bagian dari Kerajaan Afghanistan di masa lalu. Peshawar, salah satu kota utama Pakistan, adalah salah satu ibukota Kerajaan Afghanistan.
Kekhawatiran utama lainnya bagi Pakistan adalah suku Pashtun, yang anggotanya dulu tinggal sebagai satu negara di bawah Raja Afghanistan.
Namun pada tahun 1893, pemerintah India Britania menciptakan perbatasan darat yang disebut Garis Durand, yang membagi wilayah Pashtun. Beberapa bagian tetap berada di British India (sekarang mereka berada di Pakistan sejak tahun 1947) dan beberapa bagian di Emirat Afghanistan (sekarang Afghanistan).
Pashtun sendiri adalah kelompok etnis terbesar di Afghanistan yang anggotanya saat ini mencakup 48 persen dari populasi Afghanistan atau sekitar 20 juta orang dan merupakan kelompok etnis terbesar kedua di Pakistan dengan sekitar 40 juta orang anggota.
Pashtun juga merupakan elit-elit yang berkuasa di Afghanistan sementara Pashtun yang tinggal di Pakistan merasa bahwa mereka terpisah dari saudara-saudara mereka di Afghanistan dan ingin bersatu dengan mereka. Ada potensi ancaman terhadap persatuan dan integritas teritorial Pakistan dari Pashtun, yang tinggal di Pakistan dan Afghanistan. Banyak orang Afghanistan lebih menyukai orang India daripada orang Pakistan.
Karena India memiliki hubungan dekat dengan Uni Soviet dan ada pemerintah pro-Soviet di Afghanistan, Pakistan sangat ingin mengusir pasukan Soviet dari Afghanistan. Pakistan menerima dukungan yang kuat, senjata dan uang dari AS, China, Arab Saudi dan Iran, yang didistribusikan kepada pasukan Mujahidin melalui ISI-nya.
Pada tahun 1989, Soviet meninggalkan Afghanistan dan terjadi perang saudara di Afghanistan ketika para pemimpin local Afghanistan terlibat dalam pertempuran brutal untuk mendominasi.
Ketua ISI saat itu Hamid Gul telah meletakkan dasar bagi Taliban dengan bantuan Mohammed Omar, seorang Mujahidin Afghanistan yang dilatih oleh ISI untuk memerangi pasukan Soviet.
Taliban didirikan oleh Omar dengan dukungan penuh dari ISI pada tahun 1994. Mereka merekrut orang-orang dari dalam sekolah agama radikal yang disebut Darul Uloom Haqqania, di mana Omar belajar radikalisme.
