Di awal masa menjabat Fachrul Razi langsung tancap gas membuat kontroversi.
Dengan percaya diri Fachrul Razi membuat pernyataan blunder untuk membatasi penggunaan cadar dan celana cingkrang di instansi pemerintah. Yang lebih mengherankan adalah alasan dibaliknya yaitu mengaitkan cadar dan celana cingkrang dengan tingkat ketakwaan serta isu keamanan.
Banyak pihak yang mempertanyakan pernyataan Menteri Agama tersebut karena dinilai semena-mena dan tendensius.
Tidak berhenti sampai disitu, kembali Fachrul Razi memgeluarkan wacana sertifikasi penceramah yang menimbulkan pro dan kontra ditengah masyarakat karena dinilai membuat wacana yang tidak perlu dan produktif dan justru memancing perdebatan di tengah masyarakat.
Kebijakan sejenis pun diterapkannya pada majelis taklim yang diharuskan untuk terdaftar di Kementerian Agama yang kontan membuat orang-orang menyamakannya seperti orde baru dimana kebebasan orang untuk berkumpul dikekang dan dibatasi. Meski kemudian dia mengatakan hal ini diperlukan agar bantuan dari Kementerian Agama untuk majelis taklim lebih mudah terkontrol dan dilakukan.
Terakhir adalah seperti kita ketahui bersama bagaimana Fachrul Razi dikritik habis-habisan oleh anggota DPR RI ketika dia membuat pernyataan mengaitkan radikalisme dengan orang-orang yang good looking dan hafiz Al-Qur'an serta pemotongan 100 ribu rupiah biaya Bantuan Operasional Sekolah (BOS) untuk setiap siswa-siswi madrasah di seluruh Indonesia terlebih di masa pandemi sekarang ini.
Sampai dengan saat ini mungkin kita masih menerka-nerka apa prestasi dari Fachrul Razi sebagai seorang Menteri Agama, antara ada dan tiada jikapun ada sepertinya tertutupi oleh kontroversi yang dia buat sendiri.
Banyak pihak yang bahkan meminta Fachrul razi untuk diganti saja karena tidak cakap untuk membawahi Kementerian Agama.
Setelah terkena Covid-19 tentu Pak Fachrul Razi akan dikarantina setidaknya selama dua minggu ke depan dan akan dilakukan pengawasan dan swab ulang sampai hasilnya menjadi negatif dan pulih kembali.
Selama itu juga Pak Fachrul Razi bisa melakukan kontemplasi dan mengoreksi dirinya akan semua tindak tanduknya yang kerap mengundang kontroversi. Pak Fachrul Razi harusnya bisa fokus kepada penjagaan kerukunan beragama di Indonesia termasuk juga untuk pengelolaan haji yang kerap menjadi lahan basah dan tarik ulur kepentingan.