Ditengah segala keterbatasan yang ada, pemerintahan Sukarno hampir selalu dihadapkan pada masalah-masalah pelik, termasuk pemberontakan yang terjadi dimana-mana yang berniat menggulingkan kekuasannya. Tapi, semua itu berhasil dia lewati dengan baik.
Sampai akhirnya, terjadilah Pengkhinatan Gerakan 30 September yang dilakukan oleh Partai Komunis Indonesia. Pemberontakan ini akhirnya dikenal dengan sebutan Pengkhianatan G 30 S PKI atau Gestapu.
Sukarno yang biasanya selalu berhasil melalui badai pemberontakan, tapi tidak untuk pemberontakan yang terjadi pada 30 September 1965, yang mengakibatkan enam orang jendral dan satu orang perwira terbunuh oleh kebiadaban PKI.
Pemberontakan yang dipimpin oleh DN Aidit dan Untung yang bergerak di lapangan, menjadi tonggak awal kekuasaan penyambung lidah rakyat tersebut menjadi kelu.
Momentum Gestapu tersebut benar-benar telah dimanfaatkan oleh pihak-pihak tertentu untuk menyatukan anti komunis dan PKI sebagai "kambing hitam" kudeta. Sejak peristiwa itulah, posisi Sukarno sebagai penguasa mulai melemah.
Melemahnya kekuasaan Sukarno juga bukan tanpa dasar. Beliau juga dianggap sebagai sosok yang pro PKI. Terlebih, dia menganggap bahwa pemberontakan G 30 S tersebut adalah hal biasa dalam sebuah revolusi.
Wajar, jika pada akhirnya kabar burung pun berhembus bahwa Bung Karno terlibat dalam pemberontakan tersebut mulai terdengar luas. Akibatnya, bapak pendiri bangsa ini tidak lagi memiliki kendali penuh atas politik.
Pemberontakan G 30 S PKI 1965 benar telah melemahkan kekuasaan Bung Karno yang telah berkuasa 20 tahun lamanya. Namun di sisi lain, peristiwa ini menjadi momentum emas bagi Jendral Soeharto.
