Pada era tersebut, orang tua ketakutan apabila anaknya menempuh pendidikan di pesanteen. Karena memondokan anak di pesantren masa depannya tidak jelas.
Reformasi 1998 menjadi titik awal kebangkitan santri. Saat rezim orde baru tumbang oleh gerakan Mahasiswa. Yaitu, Abdulrahman Wahid atau Gus Dur, terpilih sebagai Presiden ke-empat. Hasil Sidang Umum DPR dari Pemilihan Umum multi partai pertama kali.
Anasir-anasir yang tidak menghendaki kebangkitan politik santri. Terlihat sangat kuat bercokol di Politik Tanah Air ini. Kebijakan Gus Dur dianggap berbahaya dan mengancam pengaruh kelompok anti santru. Sehingga Gus Dur pun tidak sampai berahkir periodisasinya. Gus Dur dijatuhkan melalui Sidang Istimewa.
Dis-stabilisasi Lembaga Politik Santri
Kendati tidak sampai lima tahun. Sentuhan Gus Dur mempengaruhi tata kelola kebangsaan dan bernegara sangat signifikan. Kran aspirasi dan kesetaraan terbuka lebar. Kaum santri mulai memiliki peran dalam kehidupan politik. Baik politik formal maupun politik nonformal.
Arus deras politik santri ini bagi kekuataan lain sangat berbahaya. Cara menghadangnya pun harus diperlukan cara yang halus. Santri tidak mudah lagi dikibiri.
Paling nampak di era pemerintahan Sosilo Bambang Yudhoyono. Politik Santri tetap boleh eksis tapi tidak boleh berdaya. Artikulasi dan representasi politik Santri dibuat sibuk dengan konflik Internal. Partai politik yang menjadi wadah politik kaum santri yaitu PKB terjadi konflik internal berkepanjangan.
Tercatat, PKB melakukan muktamar yang merupakan forum tertinggi pengambil keputusan sebanyak 3 kali. Muktamar Semarang, Muktamar Surabaya, Hingga Muktamar Ancol. Dalam Muktamar tersebut, akibat konflik yang berujung pergantian Ketua Umum.
Di-era ini juga, Gus Dur terhempas dari Partai yang didirikan dengan beberapa Kiai Sepuh. Gus Dur berkonflik dengan Muhaimmin Iskandar. Konflik ini tidak mampu direkonsiliasi kan hingga saat ini. Sepeninggal Gus Dur, Muhaimmin tidak mampu merangkul keluarga dan simpatisan Gus Dur.
Hari Santri Kebangkitan Kedua Era Reformasi
Kendati masih meninggalkan dendam diseputaraan elit politik santri. Ketetapan Presiden No. 22 tahun 2015 Tentang tanggal 22 Oktober sebagai hari Santri nasional. Kebijakan politik Presiden Jokowi tersebut, adalah apresiasi dan berpihaknya rezim Jokowi kepada Santri.
