Maluku Utara: Kerajaan Islam dan Sejarah Singkatnya

Pergolakan tersevut terus dihadapi hingga beberapa pergantian masa jabatan Sultan. Tidak hanya pergolakan dengan Portugis, tetapi juga dengan Belanda. Tidore kembali bangkit pada masa Sultan Kaicil Nuku yang memiliki gelar kehormatan "Sri Maha Tuan" Sultan Syaidul Jihad Amiruddin Syaifuddin Syah Muhammad El Mabus Kaicil Paparangan Jou Barakati. Dalam masa pemerintahannya, wilayah kekuasaan Tidore mencakup hingga di papua bagian Barat, kepulauan Kei, Kepulauan Aru, bahkan sampai di kepulauan pasifik. 

Pada tahun 1805 Sultan Kaicil Nuku wafat. Sultan-Sultan penerusnya saring terlibat konflik dalam perebutan kekuasaan. Selain itu intervensi Belanda dakan setiap proses peralihan kepemimpinan di Kesultanan Tidore juga membuatnya semakin mengalami kemunduran .

Kerajaan Jailolo

Berdasarkan Nagarakertagama yang ditulis oleh Mpu Prapanca, kemungkinan Kolano (raja) pertama Jailolo adalah seorang perempuan yang menikah dengan Raja Loloda, sebuah kerajaan dibagian utarapulau Halmahera. Diperkirakan pada pertengahan abad ke-13, Kerajaan Jailolo pernah berada di bawah kekuasaan Syarif, orang dari Makkah yang juga merupakan adik dariSultan Mendanao dan Sultan Borneo.

Setelah berdirinya kerajaan Ternate, eksistensi kerajaan Jailolo mulai terancam. Antara 1521-1550, Jailolo bersekutu dengan Tidore dan Spanyol untuk melwawan Ternate dan Bacan yang bersekutu dengan Portugis. Lalu pada tahun 1534, Katarabumi diangkat menjadi Kolano. Katarabumi memiliki kekuatan perang yang ditakuti bagi kerajaan Maluku lain. Sejak wafatnya Katarabumi, Kerajaan Jailolo tidak memiliki pemimpin yang cakap. Raja terakhirnya adalah Kaicil Alam yang wafat pada tahun 1684. 

Kerajaan Bacan

Sebagaimana dikutip dalam Konflik dan perubahan sosial: studi sosiologi Politik di Maluku Utara (2006), menurut Kronik Bacan, Kerajaan Bacan diperkirakan berdiri pada tahun 1322 dengan Sultan Alauddin I sebagai Sultan pertamanya. Berdirinya Kerajaan Bacan dimulai sejak perpindahan Kerajaan Kasiruta ke Pulau Sekki (Bacan), karna terjadi perkawinan antara Boki Hongi (putri Sultan Alauddin I) dengan Patra Alam (putra Sangaji Samargalila).

Pada masa kepemimpinan sultan ke-13 yaitu Sultan Iskandar Alam, Kerajaan Bacan mengalami masa-masa sulit salah satunya yaitu menghadapi penjajahan Hindia Belanda. Belanda Melakukan Siasat tipuy daya agar Sultan Iskandar Alam pergi meninggalkan Bacan dan kemudian mengabgkat Marwan sebagai Sultan ke-14. Sultan Marwan siangkat oleh Belanda sebagai boneka dalam upaya memperluas wilayah kekuasaan Kompeni Belanda Saat Itu.