Sungai Citanduy dan Cimeneng disinyalir sebagai sungai yang memberikan dampak besar terhadap penyempitan Ekosistem Segara Anakan yang merupakan salah satu laguna didunia sebagai sumber plasma nutfah keanekaragaman sumberdaya hayati dan non hayati dengan ekosistem estuarinya. Rata-rata sedimen yang terangkut dari DAS Citanduy sebesar 16,778 juta ton/tahun untuk periode 1984-1991 dan 6,353 juta ton/tahun pada periode 1992-1999 (laporan akhir Pembangunan Sodetan Sungai Citanduy buku Volume 2).
1335321416954809380
Pelumpuran, pengeruhan dan penumpukan sampah berdampak ekologis terhadap ekosistem estuari di Segara Anakan. Hal tersebut apabila tidak diatasi dengan bijak dan menguntungkan semua pihak, maka siklus dan sumber kehidupan pada Ekosistem Segara Anakan akan punah dan hanya tinggal cerita. Penyelamatan Segara Anakan sudah mencuat sejak tahun 2000 dan hingga saat ini belum ada penyelesaiannya dengan tuntas. Rencana Penyodetan Sungai Citanduy di tahun 2000 yang menurut kajian bahwa sungai Citanduy penyumbang terbesar sedimentasi ke Segara Anakan menimbulkan pro dan kontra yang berkepanjangan. Mediasi-mediasi yang sudah dilakukan pemerintah pusat dan daerah pun tidak kunjung membuahkan hasil. Sebagian besar kelompok masyarakat nelayan dan pemerhati lingkungan menilai bahwa proyek sodetan sungai Citanduy yang merubah pola aliran sungai Citanduy menuju Segara Anakan menjadi ke Nusa Were tidak menyelesaikan permasalahan. karena hanya memindahkan sedimentasi dan sampah belaka. Menurut para pakar solusi terbaiknya adalah dengan jalan merehabilitasi lahan dan mengkonservasi tanah disepanjang DAS Citanduy terutama dibagian hulu sungainya. Menurut beberapa kajian bahwa Rehabilitasi Lahan dan Konservasi Tanah (RLKT) mampu menurunkan laju sedimentasi dengan signifikan. Ditambah lagi dengan menetapkan sepadan sungai pada kiri dan kanannya sebagai kawasan lindung yang hanya diperuntukan tanaman yang berfungsi mencegah erosi, bukan sebagai kawasan pertanian dan permukiman. Tujuan utama pembangunan Sodetan Sungai Citanduy (SSC) adalah untuk menyelamatkan Laguna Segara Anakan (LSA) yang dibatasi oleh pantai selatan Pulau Jawa dan Pulau Nusa Kambangan. Luas Perairan LSA mengalami penyempitan dari waktu ke waktu dan kondisi ekologisnya sebagai ekosistem estuari semakin menurun. Pembangunan SSC hanya ditujukan untuk mengendalikan lumpur yang dibawa oleh aliran sungai Citanduy dengan cara memindahkan sebagian aliran sungainya ke Teluk Nusa Were melalui SSC yang akan dibuat. Tahun 2012 ini, sodetan Citanduy akan dilaksanakan sebagai solusi dari semakin memprihatinkannya kondisi Segara Anakan. Menurut Bibit Waluyo bahwa penyodetan merupakan satu-satunya cara menangani pendangkalan di Laguna Segara Anakan yang memisahkan Pulau Nusakambangan dengan Pulau Jawa. Segara Anakan sendiri menyimpan kekayaan hayati ekosistem mangrove yang berlimpah di pulau Jawa. Berbagai macam spesies mangrove hidup dan berkembang di Segara Anakan, sehingga menjadi tempat memijah berbagai jenis ikan. Jika tidak dikendalikan, tidak menutup kemungkinan kerusakan yang menghantui Segara Anakan akan menjadi nyata.
