 Wiranggaleng merupakan seorang juara gulat dari desa Awis Krambil. Pada pesta rakyat di kota, Galeng hadir sebagai peserta lomba gulat, sementara Idayu ikut lomba menari untuk mempertahankan gelar juara yang ketiga kalinya. Setelah keduanya memenangkan pertandingan, mereka melangsungkan pernikahan meriah di kota Tuban.
 Kedatangan Almasawa mulai membawa masalah. Ia menghampiri Idayu yang akan melahirkan anak bernama Gelar. Sementara itu, Wiranggaleng diminta untuk memimpin armada Tuban dalam penyerangan gabungan bersama Adipati Unus, penguasa Jepara. Pasukan gabungan itu gagal menandingi kekuatan meriam Portugis. Namun Adipati Unus pulang dengan membawa keyakinan bahwa Portugis bisa dilawan.
 Wiranggaleng masih harus memimpin pertempuran melawan Sunan Rajeg dan Portugis di Tuban. Para pembaca diajak merenungkan kisah-kisah wong cilik yang naik ke puncak kekuasaan karena keahliannya, misalnya Ken Arok dan Gajah Mada. Namun akhirnya Wiranggaleng sendiri merasa bahwa kekuatan arus dari utara itu terlalu kuat untuk bisa dibalikkan oleh dirinya seorang.
Dari mulut tokoh Wiranggaleng, pembaca akan bisa memahami arti judul novel Arus Balik. Ia mengatakan bahwa pada zaman kejayaan Majapahit, arus bergerak dari selatan ke utara, dari Nusantara ke Tiongkok. Majapahit pada saat itu merupakan kerajaan maritim terbesar di antara bangsa-bangsa lain. Namun makin lama orang tidak bisa membuat kapal besar. Kapal itu makin kecil seperti kerajaannya. Hal itu membuat arus tidak bergerak ke utara, melaikan sebaliknya. Bangsa-bangsa lain termasuk Tiongkok dan Portugis membawa segala-galanya ke Jawa, termasuk penghancuran, penindasan dan penipuan.
 Arus Balik -- judul novel ini -- menjadi simbol dari perubahan mendasar yang sedang terjadi di bumi Nusantara. Pada masa jayanya, Majapahit merupakan kerajaan laut yang termahsyur. Segala-galanya -- kapal-kapal, muatan, manusia, cita-cita -- bergerak dari selatan ke utara. Setelah Majapahit jatuh, arus tidak lagi bergerak ke utara. Sebaliknya, arus bergerak dari utara ke selatan. Atas Angin (kerajaan-kerajaan yang ada di utara: Arab, Tionghoa, Portugis) lebih unggul dan membawa segala-galanya ke Jawa, termasuk penghancuran, penindasan dan penipuan.
 Karena itu, selama jalur laut tidak dikuasai, bangsa-bangsa lain akan membuat Nusantara terdesak hingga ke pedalaman. Pada zaman itu hanya Adipati Unus sendiri yang berani melawan dan membendung arus itu. Arus selatan (Portugis) sebenarnya tidak lebih kuat seandainya saja Nusantara tidak tenggelam dalam konflik internal.
 Sementara itu, kedudukan Syahbandar Tuban masih terus terjaga hingga Portugis tiba dan membangun benteng di daerah bandar. Namun Almasawa akan dibunuh oleh Gelar yang telah tumbuh menjadi seorang prajurit. Setelah semua hal yang dilakukannya, agaknya kematian di tangan anak sendiri menjadi satu-satunya balasan yang setimpal bagi dirinya.
Pengaruh Islam dan Portugis dalam Jalur Perdagangan Laut
Pada tahun 1511, armada Portugis yang dipimpin oleh Alfonso d'Albuquerque (Kongso Dalbi) menyerang dan menaklukkan Malaka. Kerajaan-kerajaan di Nusantara resah karena jalur perdagangan rempah-rempah mulai dimonopoli. Hal ini tidak bisa lepas dari sistem Padroado ketika Spanyol dan Portugis menjadi penguasa lautan. Nusantara harus menentukan sikap di depan hal ini. Tokoh Wiranggaleng adalah salah satu di antaranya.
 Kedatangan Islam membawa banyak perubahan dalam masyarakat. Salah satu perubahan yang terasa di wilayah Tuban adalah dalam aturan berpakaian. Para wanita diwajibkan memakai kemban. Selain itu, makin banyak orang mengenakan baju berwarna putih menggantikan warna batik. Perubahan yang cukup penting adalah dihilangkannya upacara Sati. Karena itu, para janda yang tidak beruntung bisa terjebak dalam "kehidupan yang sulit" di daerah pelabuhan.
 Dua kali armada gabungan dikirim ke Malaka untuk mengusir Portugis, namun keduanya gagal. Penyebab kegagalan itu adalah perbedaan pendapat di antara para pemimpin Nusantara. Adipati Tuban masih mengharapkan adanya kemajuan dengan kedatangan Portugis di Tuban. Karena itu, ia menunda keberangkatan Armada Tuban dalam penyerangan yang pertama. Adipati Unus kalah, tetapi ia berjasa besar meninggalkan semangat perlawanan. Serangan yang kedua tidak didukung oleh armada yang memadai, melainkan hanya jung-jung milik orang-orang keturunan Tionghoa yang tergabung dalam kelompok Naga Selatan.
 Serangan Demak terhadap seluruh daratan Jawa meninggalkan bekas yang mendalam bagi sejarah. Peristiwa itu membuat Tuban seperti diminta memakan buah simalakama. Jika Demak dihadapi, Portugis hanya akan menonton dan bisa menyerang di saat Tuban melemah. Namun jika Demak tidak diserang, ia akan membahayakan kerajaan-kerajaan di sekitarnya. Kematian Trenggono merupakan satu-satunya jalan keluar yang diharapkan dari dilema tersebut.
 Relevansi Arus Balik
