Pangururan di masa lalu disebut sebagai Tano Ni Sumba . Karena dihuni oleh belahan komunitas Batak turunan Raja Isumbaon. Sitanggang, Simbolon, dan Naibaho adalah keturunan Isumbaon. Sementara wilayah lembah di sebelah barat Gunung Pusukbuhit, disebut Tano Ni Lontung, karena dihuni oleh belahan komunitas Batak turunan Raja Tateabulan atau Ilontungon (Raja Altong), khususnya Limbong, Sagala, dan Situmorang.
Menurut hikayat marga-marga Batak, seseorang yang dikenal sebagai Ompuraja Pangururan adalah Raja Sitanggang, putra Raja Natanggang (Sitempang), cucu Tuan Sorbadijulu. Berdasar kisah ini, kuat dugaan pemukim pertama di Pangururan adalah komunitas marga Sitanggang.
Raja Sitanggang, gelar Raja Pangururan IV, diperkirakan berdiam di desa Saitnihuta (atau mungkin di Lumban Suhi-suhi) sekarang, di Pangururan bagian utara, di kawasan pantai Tao Silalahi. Di tempat itu dulu terdapat Onan Tiga Urat, suatu pasar tradisional besar, pusat niaga di Samosir utara. Onan ini terbilang Onan Namarpatik, pasar yang dilindungi hukum adat, di bawah wilayah adat Bius Pangururan -- federasi kampung se-Pangururan. Raja Sitanggang adalah Raja Bius Pangururan di masa itu.
Setelah pemerintah kolonial Belanda menaklukkan Tanah Batak tahun 1907, Pangururan dijadikan ibu kota Onderafdeling Samosir. Sejak itu Pangururan mulai dikembangkan pemerintah kolonial sebagai sebuah kota, pusat politik dan ekonomi di utara Samosir.Â
Di bidang ekonomi, pemerintah kolonial membangun terusan Wilhelmina atau Tano Ponggol tahun 1907-1910 (diresmikan 1913). Dengan dibangunnya terusan itu, maka Pangururan menjadi pusat niaga bagi kampung-kampung di utara Samosir, pesusir Tao Silalahi dan kampung-kampung di sisi barat Samosir dan danau Toba.
Pada pertengahan 1930-an, pemerintah kolonial juga mencoba mengembangkan industri tenun berbasis ATBM di Pangururan, seperti dilakukan di Balige. Sayangnya industri tenun di Pangururan tidak berkembang. Mungkin kalah bersaing dengan industri tenun Balige yang maju pesat.
Bersamaan dengan itu, mulai tumbuh toko-toko niaga hasil bumi, sandang, perabot rumah, dan peralatan pertanian di Pangururan. Itu menjadi daya tarik sendiri yang pelan-pelan mengikis eksistensi Onan Tiga Urat.Â
Di bidang politik, pemerintah kolonial melakukan politik pecah-belah. Untuk memutus dominasi marga Sitanggang, Bius Pangururan dipecah tiga menjadi Bius Sitanggang, Bius Simbolon, dan Bius Naibaho.Â
Pemecahan bius itu memungkinkan marga Naibaho membuka Onan Tajur di area ulayatnya, di ujung selatan Tano Ponggol. Onan ini masih hidup sampai akhir 2010-an, walau pemerintah daerah sudah membangun onan baru di Desa Pardomuan I, arah tenggara Onan Tajur.
Tak sampai di situ, dalam rangka penataan pemerintahan lokal, tiga bius di atas dimekarkan lagi menjadi antara lain bius-bius Tanjung Bunga (Nadeak, di seberang Pangururan), Buhit (Sitanggang), Rianiate (Sitanggang dan Simbolon), Sabungan Nihuta (Sitanggang, Simbolon, Simalango) dan Ronggur Nihuta (Sitanggang, Simbolon, Naibaho).
