(1) masih rentannya produksi padi sebagai akibat banyaknya bencana banjir dan tanah longsor yang terjadi pada tahun 2006.
(2) rendahnya tingkat produktivitas ternak dan belum berfungsinya sistem kesehatan hewan nasional, terutama di daerah-daerah yang dapat mengganggu produksi dan keamanan pangan hasil ternak.
(3) rendahnya tingkat produktivitas dan kualitas hasil perkebunan dan hortikultura meskipun luas lahan terus bertambah karena adanya investasi.
(4) sistem penyuluhan yang belum berfungsi penuh di daerah-daerah yang masih perlu terus diperkuat untuk dapat memperlancar diseminasi dan penerapan teknologi produksi, teknologi pengolahan, dan peningkatan mutu hasil.
(5) mengoptimalisasi dan rehabilitasi lahan serta jaringan irigasi, jalan desa, dan jalan usaha tani yang masih memerlukan partisipasi masyarakat.
    Â
   Dalam perikanan
(1) banyaknya kegiatan illegal fishing serta tumpang tindih kewenangan dalam pemberian izin usaha perikanan di daerah.
(2) belum kondusifnya iklim usaha, sistem permodalan, dan investasi bagi nelayan dan pembudidaya ikan.
(3) belum ada sarana dan prasarana produksi dan pengolahan perikanan.
(4) masih rendah kualitas SDM dan masih sedikitnya kegiatan penyuluhan dan pendampingan teknologi.
