Tapi di samping Keuntungan, Makanan organik juga mempunyai kekurangan atau ke Kelemahan.
Kelemahan Makanan Organik Dibandingkan yang Non-Organik antara lain:
1. Harga Lebih Mahal
Ini adalah kendala utama bagi banyak konsumen.
2. Ketersediaan Terbatas
Pilihan dan ketersediaan produk organik mungkin tidak seluas produk non-organik, terutama di daerah tertentu.
3. Umur Simpan Lebih Pendek
Makanan organik lebih cepat membusuk sehingga memerlukan penanganan dan konsumsi yang lebih cepat.
4. Tampilan Kurang Menarik (Secara Visual)
Beberapa konsumen terbiasa dengan tampilan buah dan sayuran yang seragam dan mulus, yang mungkin tidak selalu dimiliki produk organik.
5. Potensi Risiko Kontaminasi Bakteri yang Sama
Meskipun praktik pertanian berbeda, risiko kontaminasi bakteri pada makanan organik dan non-organik secara keseluruhan dianggap serupa jika penanganan dan penyimpanan tidak tepat.