Dalam perkembangan berikutnya fakultas-fakultas IAIN yang berada di luar induknya, diresmikan pula menjadi STAIN (Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri), pada tahun 1997 berdasarkan Surat Keputusan Presiden No.11 Tahun 1997 tanggal 21 Maret yang pengelolaannya terpisah dari IAIN.
Sampai saat sekarang konsentrasi IAIN dan STAIN adalah pengembangan ilmu-ilmu agama. Menyikapi era global dengan tuntutan yang semakin berkembang serta cita-cita untuk mengintegrasikan ilmu yang tergolong perennial knowledge dengan ilmu yang tergolong acquired knowledge; maka muncullah Universitas Islam Negeri (UIN).
Sampai sekarang telah terbentuk 17 UIN yang berasal dari IAIN dan STAIN, yaitu:
Dengan adanya UIN, maka pengembangan ilmu pun menjadi bervariasi pula, ada ilmu kealaman, ilmu sosial, humaniora dan ilmu-ilmu agama. Melihat kepada tuntutan perkembangan zaman, maka pengembangan keilmuan itu tidak lagi hanya terbatas kepada ilmu agama saja, akan tetapi sudah semakin kuat munculnya tuntutan kebutuhan pengembangan yang bervariasi.Â
Berdasarkan hal tersebutlah, maka kehadiran Universitas Islam Negeri adalah sesuatu yang sangat dibutuhkan saat sekarang ini. Kajian tentang sejarah pendidikan Islam adalah salah satu mata kuliah yang diprogramkan dalam kurikulum inti (nasional)
Fakultas Tarbiyah.
Dapat dimaklumi kenapa mata kuliah ini diajarkan kepada calon guru agama. Hal ini disebabkan karena sesungguhnya substansi dari mempelajari sejarah adalah untuk dapat menjadi i'tibar bagi yang mempelajarinya, sebab sejarah mengandung pengalaman masa lampau umat manusia.Â
Karenanya sejarah mengungkapkan berbagai peristiwa yang telah terjadi yang kemungkinan ada yang mendatangkan kebahagiaan, ketentraman, kesejahteraan bagi umat manusia.
