Sebagai acuan dasar dari berdrinya madrasah unggulan adalah tujuan pendidikan nasional itu sendiri sebagaimana tercantum dalam undang-undang sistem pendidikan nasional yang intinya adalah membentuk individu yang professional dan religius, yaitu keseimbangan antara kemampuan intelektual, keterampilan dan sikap keberagaman yang taat kepada Alloh Swt. menghasilkan manusia yang berbudi pekerti, berkepribadian mandiri, tangguh, cerdas, kreatif, bertanggung jawab, produktif, nasionalisme tinggi dan berjiwa sosial yang tinggi. Namun dalam penjabarannya, tujuan umum dari madrasah unggulan yaitu membentuk individu yang profesional dan religius, selaras dalam pandangan atau acuan bersama seluruh komponen madrasah tentang keadaan masa depan yang diinginkan, partisipatif terhadap seluruh pihak penggerak dari lembaga pendidikan itu sendiri baik pemerintah, lembaga pendidikan maupun masyarakat tentang wajah pendidikan beserta tantangan yang dihadapinya dimasa depan. Sedangkan tujuan madrasah unggulan secara khusus adalah madrasah unggulan menghasilkan pendidikan yang memiliki keunggulan dalam hal berikut:
Â
- Unggul dalam hal iman dan taqwa.
- Â
- Unggul dalam hal Ilmu pengetahuan dan tekhnologi.
- Â
- Â Keagungan budi pekerti.
- Â
- Motifasi tinggi untuk mencapai prestasi.
- Â
- Kreatif dalam kehidupan sehari-hari.
- Â
- Sikap disiplin yang tinggi.[5]
Â
Adanya sekolah unggulan tentu memiliki pengaruh yang sangat besar bagi perkembangan kualitas proses maupun output pendidikan, baik pendidikan secara umum maupun pendidikan Islam. Dalam upaya pengembangan madrasah unggulan perlu adanya strategi yang dimaksudkan sebagai upaya perencanaan dan pengelolaan suatu madrasah yang berfungsi untuk mengarahkan dan mengembangkan madrasah dalam mencapai tujuan pendidikannya. Karakteristik, standar pendidikan, ataupun perangkat-perangkat madrasah unggul dalam pengembangannya tetap menmgacu pada 8 Standar Nasional Pendidikan sebagaimana yang telah diatur dalam UU SISDIKNAS. 8 SNP tersebut dapat diklasifikasi kedalam dua hal, yaitu; sumber daya manusia (SDM) dan perangkat pendidikan. Sumber daya manusia (SDM) terdiri atas pimpinan madrasah, guru, siswa, dan tenaga kependidikan. Perangkat pendidikan berupa bangunan madrasah, masjid, lapangan olahraga, dan fasilitas pendidikan lainnya. Perangkat penunjang lainnya berupa visi, misi, tujuan, kurikulum, metode pembelajaran sistem penilaian, dan lain-lain. Hal-hal tersebut di atas, pembahasannya dapat di cluster kan ke dalam sistem kelembagaan dan sistem pembelajaran.
Â
Untuk lebih rinci, agar mengetahui karakteristik madrasah unggulan mempunyai beberapa dimensi yang harus ditinjau, di antaranya:[6]
Â
- Input terseleksi secara ketat.
- Lingkungan belajar yang kondusif.
- Guru dan tenaga kependidikannya yang professional.
- Inovasi kurikulum.
- Kurun waktu belajar lebih lama dibandingkan dengan madrasah lain.
- Proses belajar harus berkualitas dan responsible.
- Bermanfaat dan berpartisipasi kepada masyarakat.
- Program pengayaan.
Â
Madrasah/sekolah unggulan dalam pelaksanaannya memiliki karakter/keunggulan yang berbeda antara satu dengan yang lainnya. Setidaknya dalam praktik dilapangan terdapat tiga tipe madrasah atau sekolah Islam unggulan yaitu:[7] Pertama, tipe madrasah atau sekolah Islam berbasis pada anak cerdas. Tipe seperti ini madrasah hanya menerima dan menyeleksi secara ketat calon siswa yang masuk dengan kriteria memiliki prestasi akademik yang tinggi. Meskipun proses belajar-mengajar di lingkungan madrasah tersebut tidak terlalu istimewa bahkan biasa-biasa saja, namun karena input siswa yang unggul, maka mempengaruhi outputnya tetap berkualitas. Kedua, tipe madrasah berbasis pada fasilitas. Madrasah semacam ini cenderung menawarkan fasilitas yang serba lengkap dan memadai untuk menunjang kegiatan pembelajarannya. Tipe ini cenderung memasang tarif lebih tinggi ketimbang rata-rata madrasah pada umumnya. Ketiga, tipe madrasah berbasis pada iklim belajar. Tipe ini cenderung menekankan pada iklim belajar yang positif di lingkungan madrasah. Lembaga  pendidikan dapat menerima dan mampu memproses siswa yang masuk (input) dengan prestasi rendah menjadi lulusan (output) yang bermutu tinggi. Tipe ketiga ini termasuk agak langka, karena harus bekerja ekstra keras untuk menghasilkan kualitas yang bagus.
Â
Dalam proses pengembangannya, pendidikan madrasah/sekolah unggulan tentu tidak dapat ditangani secara persial atau setengah-setengah, tetapi memerlukan pemikiran pengembangan yang utuh sebagai konsekuensi dari identitasnya sebagai sekolah umum yang berciri khas agama Islam. Berbagai upaya untuk meningkatkan kualitas madrasah terus digulirkan, begitu juga usaha untuk menuju kesatuan sistem pendidikan nasional dalam rangka pembinaan semakin ditingkatkan. Usaha tersebut bukan hanya merupakan tugas dan wewenang Kementerian Agama tetapi merupakan tugas bersama antara masyarakat dan pemerintah.