Mungkin karena merasa 'berkuasa', pelanggaran pertama pada Hotel Manohara terjadi pada 1990-an. Sebenarnya pada awal pembangunannya (1987), bangunan tersebut tidak dirancang sebagai hotel, tetapi sebagai Center of Borobudur Studies (Pusat Studi Borobudur). Penggagasnya adalah arkeolog pertama bangsa Indonesia, Prof Dr R Soekmono, yang memang banyak terlibat dalam pemugaran Borobudur.
Ketika itu diharapkan Pusat Studi Borobudur menjadi tempat para arkeolog dunia melakukan aktivitas, seperti lokakarya, konferensi, dan pendidikan. Namun, dengan alasan tingginya biaya pemeliharaan dan operasional, mulai 1991 Pusat Studi Borobudur difungsikan sebagai tempat penginapan. Setelah beberapa kali pergantian nama, nama Manohara---salah satu bagian cerita dalam panel Jataka Avadhana---terus dipertahankan sampai sekarang. Kini Manohara menjadi maskot  dari penginapan terdekat untuk mencapai Candi Borobudur. Bentuknya yang klasik Jawa dilengkapi suasana pedesaan merupakan daya tarik tersendiri bagi wisatawan mancanegara.
Sayang, meskipun tidak ada rekomendasi dari pihak arkeologi, pembongkaran terus berjalan. Rencananya Senin sore organisasi profesi arkeologi, IAAI Komda Jawa Tengah dan DI Yogyakarta, akan melakukan rapat. Kalau benar ini pelanggaran, berarti sudah dua kali PT Taman Wisata melanggar Undang-undang Cagar Budaya.
