Sedangkan Amien Rais “untuk sementara” menjadi Ketua MPR.
Ternyata,di balik pengajuan Gus Dur sebagai calon presiden melawan Megawati itu diduga tersembunyi misi tersembunyi lanjutan Poros Tengah, yang ujung-ujungnya adalah hendak mendudukkan Amien Rais sebagai presiden.
Skenarionya: Jika Gus Dur menang, maka ia hanya akan menjadi presiden sementara waktu, tidak akan fulltime 5 tahun, dengan alasan kesehatannya yang tidak baik, terutama sepasang matanya, maka Gus Dur akan mengundurkan diri, dan penggantinya diskenario adalah Amien Rais.
Namun skenario tersebut berantakan ketika Gus Dur malah berhasil “memaksa” MPR untuk memilih Megawati sebagai wakil presidennya, dan setelah menjadi Presiden, tidak ada tanda-tandanya dia mau mengundurkan diri.
Sepanjang Gus Dur menjalankan pemerintahannya yang kemudian hanya berumur 1,5 tahun, Amien Rais juga tak habis-habisnya terus mengkritik berbagai kebijakan Gus Dur.
Gus Dur kemudian difitnah secara politik, dituding telah melakukan korupsi di Bulog, yang kemudian menghantarkannya ke Sidang Istimewa MPR, yang menolak pidato pertanggungjawabannya, lalu dilengserkan pada 23 Juli 2001. Sekaligus melantik Megawati sebagai penggantinya.
Sebelumnya, beredar wacana di MPR yang dicetuskan oleh Amien Rais bahwa jika presiden tidak dapat menjalankan tugasnya di dalam periode pemerintahaannya, maka yang menggantikannya adalah Ketua MPR. Ketua MPR saat itu adalah Amien Rais. Namun tak mendapat respon sebagaimana diharapkan.
Memasuki pemilihan umum presiden tahun 2004 (pemilihan presiden pertama kali langsung oleh rakyat), Amien Rais tidak lagi menyembunyikan ambisi besarnya untuk menjadi presiden, maka dia masih dengan kepercayaan diri yang over dosis, dengan slogan: calon presiden bersih, pahlawan reformasi, diusung oleh PAN, maju sebagai sebagai salah satu dari lima pasangan calon presiden dan wakil presiden berpasangan dengan Siswono Yudo Husodo.
Hasilnya Amin-Siswono hanya mendapat 14,66 persen, berada di urutan keempat dari lima pasangan calon. Hasil selengkapnya adalah pasangan calon Wiranto-Salahuddin Wahid 22,15 persen, Megawati-Hasyim Muzadi 26,61 persen, SBY-JK 33,57 persen, dan Hamzah Haz-Agum Gumelar 3,01 persen.
Maka Amien Rais pun layak mendapat sebutan Amien “Gatot” Rais, “gatot” = gagal total. “Gatot”-nya Amien Rais padahal ambisinya sangat besar untuk menjadi presiden inilah yang mungkin membuat jiwanya terguncang hebat, sehingga ia berperilaku menjadi seperti sekarang ini. Makin tua bukan makin bijak, malah makin seperti orang kalap.
Terobsesi dengan keberhasilannya dengan Poros Tengah-nya itu, Amien Rais hendak mencoba lagi membentuk kekuatan seperti Poros Tengah 1999 di Pilpres 2014, dengan menghimpun kekuatan parpol-parpol Islam lagi, untuk mengalahkan Jokowi-JK.
