37 berlangsung bersama dinasti Thuluniyah akhirnya runtuh dan muncul penguasa baru yang menamakan diri Dinasti Ikhsyidiyah dengan tokohnya Muhammad bin Tughj tahun 935 M. Hingga akhirnya runtuh dikarenakan serangan dari Dinasti Fathimiyah dari Maghrib bersama Qaid (pemimpin nya Jauhar Ash Shaqlabi (Ash shiqilli) tahun 969 M.
Dinasti Fathimiyah membangun kota baru sebagai pusat pemerintahan yang dinamakan Al Mashurah nisbat kepada putra dari Khalifah Al Muizz Li diinillah. Tetapi kemudian di rubah menjadi Al Qahirah (Kairo). Bersamaan dengan itu, Masjid Al Azhar dibangun dengan megah sebagai poros dari dakwah fathimiyah.
Era pemerintahan Fathimiyah, Madzhab negara resmi di umumkan dan di ganti menjadi Syiah Ismailiyah ditandai dengan diganti nya syiar khutbah jumat kekhilafahan Abbasia dan melarang penggunaan jubah hitam syiar orang-orang Abbasiah. Sementara itu, diganti pula adzan dengan penambahan
"حي على خير العمل "
dan juga shalawat :
اللهم صل على محمد المصطفى و على علي المرتضى و على فاطمة البتول وعلى الحسن و الحسين سبطي الرسول الذين أذهب الله عنهم الجس و طهرهم تطهيرا و صل على الأئمة الطاهرين آباء أمير المؤمنين المعز لدين الله
Dan mengharuskan memakai jubah putih sebagai syiar dinasti Fathimiyah.
Ketika dilanda krisis besar, khalifah Al Adid (Sultan ke 12 dinasti Fathimiyah) meminta bantuan kepada penguasa Syam Asaduddin Syirkuh untuk mengirim utusan yang dapat membantu menstabilkan negara. Dikirim lah pemuda yang tangguh bernama Yusuf, bergelar Shalahudin dari Bani Ayyub.
Ketika Sultan Al Adid meninggal dunia, Yusuf Shalahudin Al Ayyubi sebagai kandidat terkuat menjadi Sultan. Beliau memiliki 2 pilihan yang istimewa, yaitu meneruskan Dinasti Fathimiyah sebagai sultan ke 13 dengan Madzhab Syiah nya atau membuat Dinasti baru yang loyal kepada Madzhab Ahlu Sunnah.
Karena loyalitas beliau terhadap Ummat, Shalahudin Al Ayyubi memilih untuk menghapuskan Daulah Fathimiyah dan membentuk Dinasti Ayyubiyah dengan loyalitas kepada Sunni.
