2. pengakuan serta penghormatan terhadap satuan pemerintahan daerah yang bersifat khusus atau bersifat istimewa dan terhadap kesatuan  masyarakat hukum adat beserta hak-hak tradisionalnya;
3. penegasan fungsi dan hak DPR;
4. penegasan NKRI sebagai sebuah negara kepulauan yang berciri Nusantara dengan wilayah yang batas-batas dan hak-haknya ditetapkan dengan undang-undang;
5. perluasan jaminan konstitusional hak asasi manusia;
6. sistem pertahanan dan keamanan Negara;
7. pemisahan struktur dan fungsi TNI dengan Polri; dan
8. pengaturan bendera, bahasa, lambang Negara, dan lagu kebangsaan
Perubahan ketiga ditetapkan pada Sidang Tahunan MPR tanggal 9 November 2001. Ada 23 Pasal perubahan/tambahan dan 3 Bab tambahan. Perubahan ketiga ini merupakan perubahan yang paling luas mencakup 25 Pasal dan 3 Bab tambahan. Perubahan mendasar meliputi 10 hal, yaitu:
1. penegasan Indonesia sebagai negara demokratis berdasar hukum berbasis konstitusionalisme;
2. perubahan struktur dan kewenangan MPR;
3. pemilihan Presiden dan wakil Presiden langsung oleh rakyat;
