Pemerintah Indonesia memulai upaya yang lebih luas untuk melawan ancaman terorisme dalam penanganan segera setelah bom Bali 2002. Sejak itu, pemerintah Indonesia terus mengembangkan upaya nya untuk melawan maraknya kegiatan teroris. Dan lahirnya pendekatan baru dalam penanganan terorisme yakni menegakan hukum yang sebelumnya menggunakan pendekatan keamanan melalui operasi militer dengan menggunakan landasan Undang-Undang subversif (Upaya pemberontakan dalam merobohkan struktur negara) yang dimana cara ini masih belum efektif karena tidak ada satupun organisasi teroris yang berhenti karena adanya operasi militer ini. Kemudian Pemerintah melakukan pendekatan secara menyeluruh dengan mengedepankan aspek pencegahan. Berdasarkan dari DPR, Pemerintah mengeluarkan PERPRES No.46 Tahun 2010 tentang pembentukan Badan Nasionalisme Penanggulangan Terorisme (BNPT), yang kemudian di beri wewenang untuk mengkoordinasi, merumuskan strategi dan kebijakan dalam melaksanakan program penanggulangan terorisme.
Dan tidak pula Polri telah berhasil membongkar beberapa jaringan teroris dan Pemerintah terus memperkuat kemampuan satuan penanggulangan terorisme kepolisian atau yang biasa di sebut Densus 88. Pemerintah juga telah membuat kemajuan yang signifikan dalam mengakhiri konflik separatis di Aceh dan Papua, yang telah membantu mengurangi serangan teroris oleh separatis. Dan akhir-akhir ini, radikalisasi besar-besaran siswa yang di Pesantren atau sekolah Islam dan penyebaran pengaruh seperti di perguruan tinggi yang menjadi perhatian saat ini.
Keterlibatan TNI dalam Penanganan Terorisme
Sampai saat ini keterlibatan TNI dalam menangani terorisme masih menjadi perdebatan dan pro kontra hingga saat ini. Menurut kepala Badan Nasional Penanggulangan Teroris (BNPT) tahun 2011-2014 Bapak Ansyaad Mbai mengatakan bahwa rencana menggunakan militer dapat menimbulkan masalah baru karena harus jelas peraturan batasan TNI dalam penanganan terorisme. Alasan beliau bahwa selama ini sudah ada peran Densus 88 Antiteror dan BNPT itu sendiri, beliau juga mengatakan bahwa pendekatan hukum merupakan pemilihan yang tepat sebagai bentuk penindakan.
Pelibatan TNI juga tidak diterima oleh beberapa koalisi masyarakat sipil, alasannya keterlibatan tentara merupakan kemunduran dalam reformasi. Karena masa reformasi ini tentara dan polisi dipisahkan tugasnya. Padahal keterlibatan TNI sudah diatur dalam Undang-Undang TNI Pasal 7 ayat 2 dan 3 bahwa militer dapat beroperasi selain perang berdasarkan keputusan politik negara yaitu Presiden. Pihak yang tidak setuju menilai bahwa keterlibatan TNI berpotensi memicu pelanggaran hak asasi manusia, karena menggeser pendekatan hukum menjadi pendekatan militer lagi dalam upaya pemberantasan terorisme. Dan bagaimana dengan terorisme yang membunuh banyak orang yang tidak bersalah atas aksinya apakah itu bukan melanggar HAM juga.
Bagi saya militer boleh saja terlibat ketika situasi ancaman yang dihadapi diluar batas kemampuan polisi seperti pencarian Santoso yang bersembunyi di hutan-hutan, sebab polisi di tugaskan bukan untuk berperang. Bisa saja TNI dan Polri saling membantu, begitu terjadi terorisme TNI sudah siap siaga tanpa harus menerima perintah. Seperti yang kita ketahui aksi terorisme bukan hanya dilakukan di daratan saja, kalau saja terjadi di laut lepas seperti pembajakan kapal Sinar Kudus pada tahun 2011, Polri tidak memiliki kemampuan sehingga di terjunkan nya pasukan khusus TNI AL yaitu Denjaka dan Kopaska bahkan pasukan khusus TNI AD Sat Gultor 81 diterjunkan untuk menjalankan tugas ini.
Memang menurut saya lebih baik kepolisian berkerja sama dengan tentara dalam penanganan ini, tentara yang melakukan operasi militer sedangkan kepolisisan yang mengurusi tindak pidana. Mungkin saja dibentuk badan khusus untuk mengawasi penanganan yang dilakukan TNI dan Polri, memberi batasan kepada TNI bahwa operasi militer tidak boleh ada aksi tembak-menembak kalau tidak diperlukan atau tidak dalam keadaan bahaya mungkin, dan agar bisa menerima laporan dari masyarakat yang merasa dirugikan misalnya pemeriksaan yang dikhawatirkan terjadi kekerasan .
TNI kita juga memiliki banyak pasukan khusus di darat, laut, maupun udara. Kopassus, Tontaipur, Denjaka, Kopaska, Paskhas, Sat Bravo-90 yang dimana pasukan ini merupakan pasukan elit yang dimilki Indonesia yang bahkan sudah diakui di dunia. Bekerja sama antara Densus 88 Antiteror dengan pasukan khusus TNI yang bagi saya itu bisa membuat teroris ketakutan dengan sistem penanganan terorisme di negara kita ini.
Mayor Jenderal TNI I Nyoman Cantiasa pernah mengatakan : "Jangan sampai ada Satuan yang mempunyai kemampuan, Tetapi Tidak Punya Kewenangan" karena tidak adanya perlindungan hukum untuk bergerak.
