Pada masa pemberontakan Ra Kuti, Gajah Mada yang masih dikenal dengan Jaka Mada menjabat sebagai bekel dan pimpinan pasukan Bhayangkara. Karena Jayanagara dan keluarga istana Majapahit dalam bahaya, Bekel Jaka Mada beserta pasukan Bhayangkara membawa Jayanagara menuju desa Bedander. Menginap di rumah kepala desa. Sejak itu, Majapahit dikuasi oleh Ra Kuti.
Sesudah Jayanagara beserta keluarga istana Majapahit merasa aman di desa Bedander, Bekel Jaka Mada berniat menumpas pemberontakan Ra Kuti. Langkah pertama yang diambilnya yakni membunuh Singha Parapen yang merupakan mata-mata Ra Kuti.Â
Langkah kedua yakni menyerang Ra Kuti dan pengikutnya bersama pasukan Bhayangkara dan pasukan Majapahit yang baru pulang dari Bali. Karena pasukannya sangat kuat, Bekel Jaka Mada berhasil menumpas pemberontakan Ra Kuti.
Selain menumpas pemberontakan Ra Kuti, Bekel Jaka Mada pula membunuh Halayuda (Kakawin Nagarakretagama) atau Mahapati (Serat Pararaton). Alasan pembunuhan terhadap Halayuda, karena patih yang dikenal sebagai Sengkuni Majapahit tersebut dicurigai sebagai sosok di balik layar pemberontakan Ra Kuti.
Ketika kotapraja Majapahit kembali aman, Bekel Jaka Mada membawa pulang Jayanagara beserta keluarganya kembali ke istana Majapahit. Dengan demikian, Bekel Jaka Mada telah menunjukkan prestasinya sebagai penyelamat Jayangara dan sekaligus penyelamat Majapahit. Berkat prestasinya itu, Bekel Jaka Mada diangkat sebagai Patih Kahuripan dan kemudian Patih Daha.
Perkembangan selanjutnya, Bekel Jaka Mada membunuh Ra Tanca (tabib istana Majapahit) yang telah membunuh Jayanagara. Motivasi Ra Tanca membunuh Jayanagara karena telah mengganggu istrinya. Pendapat ini berdasarkan Serat Pararaton.
Sementara Motivasi Bekel Jaka Mada membunuh Ra Tanca karena telah membunuh Jayanagara. Namun peristiwa tersebut diluruskan oleh sebagian analis sejarah, di mana motivasi Bekel Jaka Mada membunuh Ra Tanca utusannya agar jejak niatnya untuk membunuh Jayanagara tidak diconangi.Â
Mengingat Bekel Jaka Mada tidak sepakat kalau Jayanagara menikahi Dyah Gitarja dan Dyah Wiyat -- kedua adik tirinya. Diketahui pula bahwa Dyah Gitarja dan Dyah Wiyat merupakan saudara sekakek (Kertanagara) dengan Gajah Mada.
Gajah Mada Semasa Pemerintahan Tribhuwana
Sepeninggal Jayanagara, Dyah Gitarja naik tahta. Ketika menjabat sebagai raja, Dyah Gitarja yang dikenal dengan Tribhuwana Wijayatunggadewi tersebut menggunakan gelar abhiseka Sri Tribhuwanottunggadewi Maharajasa Jayawisnuwardhani (Prasasti Singhasari dan Piagam Berumbung, 1351).
Semasa Tribhuwana Wijayatunggadewi bermaksud menumpas pemberontakan Sadeng dan Keta (Wirota dan Wiragati), Jaka Mada berseteru dengan Ra Kembar. Perseteruan tersebut untuk mendapatkan kepercayaan dari Tribhuwana untuk dijadikan panglima perang dalam misi penumpasan pemberontakan tersebut.
