Berbagai upaya untuk mendirikan Sekolah Islam yang berkualitas mulai dikerjakan. Salah satu di antaranya dengan membentuk lembaga yang akan mengelolanya. Lembaga itu harus berbadan hukum, dan dirancang untuk mendirikan dan mengelola pendidikan tersebut, di samping kegiatan-kegiatan lainnya. Sehingga, dalam suatu pengajian di Mushalla Al-Muhajirien tanggal 14 September 1982, para jamaah lalu sepakat membentuk yayasan dan mempercayakan Ketua Majelis Taklim, H. Moehammad Zain, yang dibantu oleh 6 (enam) orang jamaah, bertindak untuk dan atas nama Majelis Taklim Al-Muhajirien, untuk mendirikan Yayasan Pendidikan Islam (YPI).
Ketujuh orang tersebut, pada hari Jumat, 22 Zulqaidah 1405 bertepatan tanggal 9 Agustus 1985, menghadap Notaris Sudirdja S.H., untuk mendirikan Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al Muhajirien Jakapermai, dengan kekayaan awal sebesar Rp. 1.000.000.-, serta waqaf tanah Majelis seluas 1.700 m2, berikut bangunan Mushalla senilai Rp 47.314.000.- Para pendiri yang mendaftarkan Yayasan ini sesuai dengan Akte Notaris No. 3, Tanggal 9 Agustus 1985, adalah sebagai berikut : 1) Moehammad Zain; 2) Drs. H. Teuku Syahrul; 3) H. Ibrahim Zaki; 4) Sabaruddin Djamal; 5) Chaeruddin Mahiddin; 6) Sukisnadi Karyadi; 7) Edie Faishal. Â
Maksud dan tujuan Yayasan pada awal berdirinya YPI Al Muhajirien Jakapermai, adalah untuk memantapkan pemahaman dan pengamalan Islam bagi setiap pemeluknya secara murni dan konsekuen. Kedua, untuk turut berperan-serta membantu Pemerintah di dalam memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa guna tercapainya sasaran pembinaan manusia Indonesia seutuhnya yang bertaqwa kepada Allah. Untuk mencapai maksud dan tujuan tersebut, Yayasan merencanakan berbagai kegiatan dan usaha, antara lain : 1) Mendirikan dan menyelenggarakan pendidikan formal dan non-formal; 2) Mendirikan dan memakmurkan Masjid/Mushalla; 3) Mendirikan dan menyelenggarakan Perpustakaan dan penerbitan; 4) Mendirikan dan mengelola panti asuhan; 5) Mendirikan dan mengelola lembaga pelayanan kesehatan; 6) Dan lain lain.
Menjadi Yayasan Waqaf
Sesuai dengan Undang Undang no. 16 tahun 2001 tentang Yayasan, maka pada tanggal 4 Oktober 2001, Pengurus Yayasan pada saat itu, telah melakukan langkah-langkah penyesuaian meliputi, nama, anggaran dasar, struktur dan personalianya. Mengenai nama Yayasan, dari Yayasam Pendidikan Islam (YPI) Al Muhajirien Jakapermai dirubah menjadi Yayasan Waqaf (YW) Al Muhajirien Jakapermai. Perubahan ini lebih bersifat penegasan, karena sejak ditetapkan pada 9 Agustus 1985, semua kekayaan Yayasan, berupa tanah dan bangunan, merupakan "waqaf". Oleh karena itu "tidak bisa dijual, dijaminkan atau digunakan untuk mendapatkan kredit dari fihak bank atau fihak lainnya" Demikian ditegaskan dalam Anggaran Dasar yang baru, pasal 5 ayat 3, yang telah diaktekan pada notaris Ny. Dahlina Zurnaili SH dengan nomor 21, tanggal 15 Januari 2002.
Berdasarkan audit report Drs. Kurdi, Riyono & Rekan, pertanggal 30 Juni 2005, total assets Yayasan, telah mencapai Rp 52 milyar, persisnya Rp 52,04 milyar. Harta kekayaan itu tidak seluruhnya milik Yayasan, karena sebagian di antaranya masih berupa hutang (Rp 15.827 juta) dan Musyarakah dengan fihak BMI (Rp 9.150 juta). Kekayaan milik Yayasan hanya berjumlah Rp 27,063 milyar.
Saat ini, Yayasan Waqaf (YW) Al Muhajirien Jakapermai, sudah berusia 38 tahun, sejak pendiriannya pada tanggal 9 Agustus 1985. Dimana, sejarah berdirinya Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al Muhajirien Jakapermai (saat pertamakali berdiri), berbeda dengan kelaziman yang ada pada saat itu, dimana biasanya Yayasan dibentuk oleh pribadi-pribadi tertentu. Namun, yayasan ini dibentuk oleh sebuah Majelis Taklim yang berkedudukan di Kawasan Perumahan Jakapermai, Kelurahan Jakasampurna, Bekasi Selatan (sekarang berubah menjadi, Kecamatan Bekasi Barat).
Secara estafet periodisasi kepengurusan YW Al Muhajirien Jakapermai, sampai saat ini sebagai berikut: 1)  Periode I (1985-1988) dipimpin oleh H. Moehammad Zain; 2) Periode II (1989-1992) dipimpin oleh H. Moehammad Zain; 3) Periode III (1992-1995) dipimpin oleh H. Moehammad Zain; 4) Periode IV (1995-1998) dipimpin oleh H. Moehammad Zain; 5) Periode V (1998-2001) dipimpin oleh H. Omid Sunarya; 6) Periode VI (2002-2007) dipimpin oleh H. Sabaruddin Djamal; 7) Periode VII (2007-2012) dipimpin oleh H. Muhamad Asikin; 8) Periode VIII (2012-2017) dipimpin oleh H. M. Ali Subekti; 8) Periode  IX (2017-2022) dipimpin oleh H. M. Ali Subekti; dan 10) Periode X (2022-2027) dipimpin oleh H. M. Syafiuddin, B.Comm, S.T.
