Anak Agung Gde Agung kemudian mulai merintis kerjasama dengan RI, yaitu dengan mengirim Goodwill Mission ke Yogyakarta. Missi tersebut menjadi langkah awal dari terciptanya konsensus nasional yang lebih luas. Ia juga selalu memotori untuk mengadakan kerjasama dengan RI dalam mengatasi permasalahan Indonesia-Belanda.
Puncaknya adalah penyelenggaraan pertemuan antara delegasi RI dengan BFO yang dikenal dengan Konferensi Inter-Indonesia. Konferensi ini berlangsung di Yogyakarta dan Jakarta pada Juli-Agustus 1949. Tujun konferensi ini adalah sebagai persiapan untuk menghadapi Konferensi Meja Bundar (KMB) di Den Haag, Belanda.
Konferensi Inter-Indonesia I
Konferensi Inter-Indonesia I diselenggarakan di Yogyakarta pada 20-22 Juli 1949 bertempat di Gedung Kepatihan. Pada pembukaan, Ketua Delegasi RI Moh. Hatta menyampaikan pentingnya konferensi ini:
"Saudara-saudara, bagi saya bukanlah tercapai persesuaian dalam segala hal yang penting pada Konferensi Inter-Indonesia ini, melainkan Konferensi Inter-Indonesia ini penting karena ia adalah suatu saat bersejarah dalam hidup kita. Konferensi Inter-Indonesia ini adalah suatu simbol daripada persatuan kita kembali, simbol dari kemauan kita untuk melaksanakan cita-cita rakyat kita dalam perjuangan yang berpuluh-puluh tahun, yaitu melaksanakan Indonesia yang bersatu dan tak terpisah-pisah. Di sini terletak arti yang sebenarnya daripada Konferensi Inter-Indonesia" (Leirissa: 2006, hlm. 275-276)
Pada sore harinya, diadakan rapat tertutup di Hotel Tugu membahas peraturan konferensi dan pembentukan panitia-panitia. Kepanitiaan yang dibentuk antara lain: Panitia Pengarah (Steering Committee), Panitia Ketatanegaran, Panitia Keuangan dan Ekonomi, Panitia Keamanan, serta Panitia Kebudayaan.
Penyampaian hasil kerja dari masing-masing kepanitiaan pada 22 Juli 1949 menandai berakhirnya sidang Konferensi Inter-Indonesia I (mengenai hasil Konferensi Inter-Indonesia I, lihat Arsip Sekretariat Negara 1945-1949, No. 855, ANRI). Masalah-masalah yang belum terselesaikan kemudian dibicarakan dalam Panitia Teknis dan hasilnya akan disampaikan dalam rapat pleno Konferensi Inter-Indonesia II.
Konferensi Inter-Indonesia II
Konferensi Inter-Indonesia II diselenggarakan pada 31 Juli - 2 Agustus 1949 bertempat di Gedung Indonesia Serikat yang sehari-hari dijadikan sebagai kantor Sekretariat BFO. Setelah pembukaan, agenda hari pertama adalah rapat pleno untuk membicarakan hal-hal yang bersifat umum. Pada kesempatan itu, Sultan Hamid II selaku ketua sidang mengumumkan susunan keanggotaan yang baru untuk Panitia Kebudayaan, Panitia Kenegaraan, serta Panitia Ekonomi dan Keuangan.
Hasil rapat dari berbagai kepanitiaan yang berupa rekomendasi kemudian diserahkan kepada Steering Committee untuk diformulasikan menjadi hasil akhir Konferensi Inter-Indonesia II (mengenai hasil Konferensi Inter-Indonesia II lihat Arsip Moh. Yamin, No. 70, ANRI.). Tepat pada 2 Agustus pukul 18.30 Sultan Hamid II selaku Ketua BFO dan Ketua Konferensi Inter-Indonesia II membuka sidang penutup, ia menyampaikan:
"...terimakasih bukan hanya karena harapan dan kepercayaan bahwa pertemuan ini kan berhasil telah terbukti, tetapi juga telah membuktikan dan memperlihatkan kepada pihak luar bahwa kita bersatu dalam cita dan tujuan. Beberapa hari lagi kita akan berangkat ke Belanda untuk turut serta dalam KMB dengan semangat yang telah mempengaruhi kita disini semangat persamaan dan persaudaraan..." (Merdeka, 3 Agustus 1949)
