Dalam putusan tersebut, majelis KPPU mengungkapkan bentuk-bentuk persekongkolan yang dilakukan antara PNRI dan Astra Graphia. Persengkokolan juga dijalin dengan panitia lelang.
PNRI dan Astra Graphia dinilai copy-paste dokumen tender. Bahkan kesalahan tulis dokumen tender mereka sama. Di sisi lain, panitia lelang melakukan post bidding. Panitia memasukkan dokumen walaupun lelang sudah ditutup. KPPU menghukum PT PNRI denda Rp20 miliar dan Astra Graphia denda Rp4 miliar karena melakukan persaingan usaha tak sehat. Pengacara PNRI Jimly Simanjuntak menilai putusan KPPU tak tepat. Mereka juga menggugat ke PN Jakarta Pusat.
Maret 2013, PN Jakarta Pusat mengabulkan gugatan PNRI. KPPU tak terima dan mengajukan kasasi. "Kami tetap yakin bahwa telah terjadi dalam persekongkolan. Maka kami mengajukan upaya hukum," kata pengacara KPPU Manaek SM Pasaribu.
KPK mulai menelusuri dugaan korupsi pada 22 April 2014. Komisi menetapkan Sugiharto, mantan Direktur Pengelola Informasi Administrasi Kependudukan Ditjen Dukcapil Kemendagri sebagai tersangka. Enam bulan selepas KPK masuk, MA dalam putusannya menolak kasasi KPPU tersebut.
Dengan akibat kasus korupsi yang masih bermetastasis-penyebaran sel kanker  yang sulit dikendalikan-sukar untuk tidak bersikap sinis. Ketika surat dakwaan yang dibacakan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) pada Kamis, 9 Maret 2017.Â
Surat merujuk peranan terdakwa I yakni mantan Direktur Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kemendagri, Irman dan terdakwa II mantan Direktur Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan Direktorat Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kemendagri, Sugiharto.Â
Sebelum membacakan dakwaan di Pengadilan Tipikor Jakarta Pusat tersebut, KPK telah mendalami kasus e-KTP tersebut sejak tahun 2013.Â
Dalam catatan Indonesian Corruption Watch, Kejaksaan Agung pada bulan Juni 2010 menetapkan empat tersangka dalam Penyidikan Perkara Pengadaan Perangkat Keras, Perangkat Lunak, sistem dan blanko KTP pada Dirjen Administrasi Kependudukan Departemen Dalam Negeri Tahun Anggaran 2009. Empat orang tersangka tersebut yaitu, Irman, yang ketika itu menjabat sebagai Direktur Pendaftaran Penduduk Kementerian Dalam Negeri, Ketua Panitia Pengadaan Barang Paket P. 11, Drs. Dwi Setyantono MM, Direktur PT. Karsa Wira Utama, Suhardjijo, dan Direktur Utama PT. Inzaya Raya, Indra Wijaja.
Setidaknya puluhan nama anggota DPR disebut dalam dakwaan itu. Meski demikian, sebagian nama-nama tersebut belum cukup bukti menjadi tersangka. Seperti diketahui saat itu, di berbagai pemberitaan, bagi-bagi jatah e-KTP di DPR terungkap nama besar, Ketua Fraksi Partai Golkar di DPR Setyo Novanto saat itu menjabat Ketua DPR dan Ketua Umum Partai Golkar berperan memfasilitasi koordinasi ke fraksi lainnya untuk memuluskan proyek e-KTP; Anggota Komisi II DPR Fraksi PDI Perjuangan Arif Wibowo saat itu menjabat Wakil Ketua Badan Legislasi DPR yang berperan memberikan uang pelicin proyek e-KTP kepada pimpinan komisi II DPR; Gubernur Jawa Tengah Ganjar Pranowo saat itu menjabat Wakil Ketua Komisi II DPR Fraksi PDI Perjuangan berperan turut menyepakati e-KTP sebagai program Prioritas Utama; Gubernur Sulawesi Utara dan Bendahara Umum PDI Perjuangan Olly Dondokambey saat itu menjabat Wakil Ketua Banggar DPR berperan memberikan kepastian tersedianya anggaran untuk proyek e-KTP; Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Yasonna H. Laoly saat itu menjabat Ketua Komisi II DPR; dan  Ade Komaruddin saat itu menjabat mantan Ketua DPR dan Sekretaris Fraksi Partai Golkar.
Hasilnya DPR menyepakati APBN tahun 2013 yang didalamnya memuat tambahan anggaran pengembangan Sistem Administrasi Kependudukan (SAK) terpadu sejumlah Rp1,5 triliun. Persetujuan tersebut kemudian ditindaklanjuti dengan penerbitan dan pengesahan Daftar Isian Pelaksanaan Annggaran, pada 5 Desember 2012.
Tahun 2019, Wakil Presiden Jusuf Kalla (JK) Â kartu tanda penduduk elektronik (e-KTP) ditujukan menjadi kartu multiguna. Jadi, e-KTP akan diterapkan sekaligus berfungsi untuk social security number, fasilitas kesehatan, hingga urusan Surat Izin Mengemudi (SIM).
Namun dalam perkembangannya, kata Jusuf Kalla, hal ini belum dapat diwujudkan. "Jadi secara teknis bisa, karena di situ ada chip-nya, tinggal diisi. Tapi mungkin teknologi kurang masih belum cepat ke situ," kata JK di Kantor Wakil Presiden, di Jalan Medan Merdeka Utara, Jakarta Pusat, Selasa, 19 Maret 2019
