Selesai masa Hellenisme dan Romawi kemudian disusul dengan masa patristik, karena pada masa ini bapak-bapak Gereja, kira-kira abad 8 ini ada yang memilih menerima filsafat Yunani dan ada yang menolak mentah- mentah, karena berbahaya bagi iman kristen.
Setelah itu munculah zaman pertengahan, yang disebut dengan Skolastik menggambarkan bahwa ilmupengetahuan abad ini diajarkan oleh sekolah-sekolah gereja. Sejak saat inilah filsafat Barat menjadi antroposebtris, yang bebas mengadili dan menghakimi segala sesuatu yang dihadapinya. Pada saat ini juga filsafat dan agama mulai mencair.
Pada 1561 M dimulailah masa Filsafat Modern yang mana filsafat telah ditinggalkan oleh ilmu-ilmu alam, para ilmuwan sendiri sagat terpukau dengan keberhasialan ilmu pasti dan ilmu alam, sehingga timbullah gagasan baru yang diterapkan dalam Filsafat. Dan manusia mulai merasakan kemandirianya karena sudah terikat dengan dogma agama.
Ilmu yang kini telah mengkolaborasi ruang lingkupnya yang menyentuh sandi-sandi kehidupan umat manusia yang paling dasar., baik yang individual maaupun sosial memiliki dampak yang sangat besar. Menurut koento (1988:5) ada tiga hal: pertama, ilmu yang satu sangat berkat dengan yang lain. Kedua, semakin memudanya batasan sehingga membat bebas dan melibatkan ilmuwan dengan etika dan moral. Ketiga, dengan adanya implikasi yang begitu luas dengan kehidupan manusia, timbul pula permasalahanakan makna ilmu itu sendiri sebagai yang membawa kemajuan atau sebaliknya.
Filsafat ilmu sebagai lanjutan dari perkembanga filsafat pengetahuan., adalah yang merupakan cabang filsafat. Yang objek sasarnya adalah Ilmu tentang Ilmu. Perkembangan selanjutnya filsafat mengarahkan pandanganya pada setrategi pengembangan ilmu, yang menyangkut juga etik dan heuristik,bahkan sampai pada dimensi kebudayaan untuk menangkap arti dan makna bagi kehidupan manusia.
Objek kajian filsafat ilmu ada 3, diantaranya, Ontologi merupakan azas dalam menetapkan batas ruang lingkup wujud yang menjadi objek penelaahan serta penafsiran teentang hakikat realitas (metafisik). Ontologi meliputi permasalahan apa hakikat ilmu itu, apa hakikat kebenara dan kenyataan yang inheren dengan pengetahuan itu, yang tidak terlepas dari pandangan tentang apa dan bagaimana yang ada itu. Epistomologi adalah cabang filsafat yang meyelidiki asal-muasal, meode-metode dan sahnya ilmu pengetahuan. Secara garis besar terdapat dua airan pokok dalam estimologis, yaitu rasionalisme dan empirisme yang pada giliranya kemudian muncul beberapa isme lain, misalnya: rasionalisme kritis, fenomenalisme, intuisionisme, positivisme dan seterusnya. Aksiologi adlah ilmu pengetahuan yang meyelidiki hakikat nilai yang pada umumnya meliputi ditinjau dari sudut pandang kefilsafatan. Aksiologi meliputi nilai-nilai, parameter bagi apa yang disebut dengan kebenaran atau kenyataan itu. Lebih dari itu Aksiologi juga menunjukan kaidh-kaidah apa yang harus kita perhatikan didalam menerapkan ilmu kedalam praksis. Pendekatan Aksiologis ini menyebutkan bahwaa pada dasarnya ilmu harus digunakan dan dimanaatkan untuk kemaslahatan manusia.
Dalam merespon sains modern, ilmuan muslim memiliki prespetif yang berbeda-beda:
Pertama, kelompok yang menganggap bahwa sains modern bersifat universal dan netral dan semua sains tersebut dapat ditemukan dalam Al-Qur’an . pendapat ini dianggap sangat naif dan riskn karena menganggap Al-Qur’an sebagai ensiklopedia sains.
Kedua, kelompok yang berusaha memunculkan persemakmuran sains di negara- negara islam, karena kelompok ini berpendapat kalau kelempok ini berada dalam masyarakat islam maka akan termodifikasi sehingga dimanfaatkan untuk mencapai cita-cita islam.
Ketiga, kelompok yang ingin membangun paradigma baru islam, yaitu paradigma pengetahuan dan pardigme perilaku.
Nampaknya respon ilmuwan muslim terhadap sains modern ini memiliki pengikut atau link masing-masing. Upaya pencarian ilmu pengetahuan dalam islam atau konsep islam tentang ilmu itu memang sudah dilakukan oleh ulama-ulama sejak dahulu.
