Salah satunya adalah perumusan program-program prioritas bagi pesantren dan pemberian beasiswa bagi santri untuk dapat melanjutkan pedidikan ke perguruan tinggi agama islam  negri di seluruh penjuru indonesia.
Santri indonesia di setiap tahunnya juga mengukuhkan resolusinya melalui hari santri nasional untuk selalu menjaga keutuhan bangsa dan negara, dan dalam praktik keagamaan menjaga nilai-nilai budaya dan kearifan lokal.Â
Pentingnya pendidikan agama islampun tidak luput dari perhatian peerintah. Pada tahun 1952, pendidikan agama islam di masukkan dalam mata pelajaran pilihan, tahun 1968 pendidikan agama menjadi mata pelajaran wajib dan tolok ukur kelulusan.Â
Peraturan pemerintah no. 55 tahun 2007 pasal 3 dimana pemerintah melalui mentri agama mewajibkan :
1. Setiap satuan pendidikan pada semua jalur, jenjang, dan jenis pendidikan wajib menyelenggarakanpendidikan agama islam.
2. Pengelolaan pendidikan agama dilaksanakan oleh Mentrian Agama.
Pada jenjang pendidikan tinggi pendidikan islam diselenggarakan dalam dua jalur yang sama saling melengkapi yaitu, Ma'had Ali di dalam pesantren dan IAIN dan UIN diluar pesantren. Sementara Ma'had Ali ini belajar berkonsentrasi kepada ilmu-ilmu kegamaan dakwah, sedangkan IAIN dan UIN menggabungkan ilmu umum dan agama islam.
Seluruh bentuk pendidikan agama islam diakui sebagai bagian dari Sistem Pendidikan Nasional dengan terbitnya Undang-undang no.20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional.Â
Sejak itu baik diniah, madrasah maupun pendidikan islam yang semula berada diluar sistem pendidikam masional diakui pemerintah sebagai bagian dari sistem pendidikan nasional, saat ini struktur subsistem pendidikan islam menjadi kompleks dan besar baik jenjang, jenis pendidikan, lembaga maupun peserta didik yang dilayani menjadi semakin banyak.
