Secara teoretis makna dikotomi adalah pemisah secara teliti dan jelas dari suatu jenis menjadi dua yang terpisah satu sama lain dimana yang satu sama sekali tidak dapat dimasukkan ke dalam satunya lagi dan sebaliknya. Adanya dikotomi keilmuan ini akan berimplikasi pada dikotomi model penidikan. Di satu pihak ada pendidikan yang hanya memperdalam ilu pengetahuan modern yang kering dari nilai-nilai keagamaan, dan di sisi lain ada pendidikan yang hanya memperdalam masalah agama yang terpisahkan dari perkembangan ilmu pengetahuan. dari definisi tersebut dapat diartikan bahwa makna dikotomi adalah pemisah suatu ilmu menjadi dua bagian yang satu sama lainnya saling memberikan arah dan makna yang berbeda dan tidak ada titik temu antara kedua jenis ilmu tersebut.
Padahal apabila dilihat dari kacamata Islam, jelas sangat jauh berbeda sangat jauh berbeda dengan konsep Islam tentang ilmu pengetahuan itu sendiri, karena dalam Islam ilmu dipandang secara utuh dan universal tidak ada istilah pemisah atau dikotomi. Sesungguhnya Allah lah yang menciptakan akal bagi manusia untuk mengkaji dan menganalisis apa yang ada dalam alam ini sebegai pelajaran dan bimbingan bagi manusia dalam menjalankan kehidupannya di dunia. Hal ini sesuai dengan firman Allah dalam surat Ali Imran ayat 190:
Artinya: Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi, dan silih bergantinya malam dan siang terdapat tanda-tanda bagi orang-orang yang berakal.
Apabila kita lihat saat ini, para ilmuwan cenderung memisahkan (dikotomi) antara ilmu agama dengan ilmu keduniaan, Praktik dualisme pendidikan tersebut sebenarnya disebabkan oleh kemunduran umat Islam dalam segala bidang, seiring dengan kemajuan Barat (Eropa) yang menguasai berbagai macam ilmu pengetahuan dan berusaha menguak misteri alam dengan menakhlukkan lautan dan daratan.
Sebagaimana diungkap Ismail Raji Al-Faruqi bahwa zaman kemunduran umat Islam dalam berbagai bidang telah menempatkan umat Islam berada di anak tangga bangsa-bangsa yang terbawah (Fachri Ali Bahtiar Effendy,1986:28) Disamping itu Al-Faruqi juga mengatakan ilmu itu tidak bebas nilai, tetapi syarat dengan nilai. Yang perlu di Islamkan itu bukan orang tetapi ilmunya, supaya orang yang belajar ilmu pengetahuan bisa terpola langsung pemikiran dan tingkah lakunya. Untuk mengislamkan ilmu pengetahuan, jalan yang harus diperhatikan adalah :
1) jadikan Al-Quran dan sunnah sebagai landasan dalam berpikir
 2) lakukan pencarian terhadap ilmu-ilmu modern
 3) lakukan pendekatan filsafat dalam ilmu pengetahuan itu.
Sedangkan dalam keadaan ini masyarakat muslim melihat kemajuan Barat sebagai suatu yang mengagumkan, hal yang menyebabkan kaum muslimin tergoda oleh kemajuan Barat dan berupaya melakukan reformasi dengan jalan weternisasi, dan ternyata weternisasi telah menjauhkan umat Islam dari ajaran Al-Qur'an dan Hadist. Sesungguhnya sangat dilematis ketika ingin maju meniru budaya Barat yang telah jauh berkembang, tetapi kita malah menjadi hancur karena tidak mampu menfilter apa yang kita dapat bahkan kita malah menelan mentah-mentah padahal itu semua membawa kita kepada kehancuran.
