Karena kepopuleran dojo dan banyaknya duel yang dimenangkan, termasuk ketika dia menangkis tiga lawan dengan sebuah tessen. Tessen ini adalah sebuah senjata perang Jepang berbentuk kipas.
Kojiro kemudian diberi kehormatan oleh Lord Hosokawa Tadaoki sebagai kepala senjata utama dari daerah Hosokawa di sebelah utara Kyushu. Kojiro kemudian menjadi sangat terampil dalam menggunakan nodachi, dan memberi nama pedangnya Monohoshi-Zao atau "The Laundry-Drying Pole" yang panjangnya 90 cm sebagai senjata utamanya.
Pedang tersebut dibuat oleh Bizen Nagamitsu yang merupakan salah satu murid dari Masamune.
Sasaki Kojiro dan Miyamoto Musashi telah mengenal satu sama lain, dan Musashi telah mengakui bahwa Kojiro merupakan ahli pedang yang hebat, dan juga lawan yang tangguh. Mereka telah banyak melakukan duel, namun duel yang paling terkenal adalah duel terakhir yang terjadi di pulau Ganryujima.
Miyamoto Musashi merupakan seorang ahli pedang dan ronin atau seorang samurai tanpa tuan yang begitu hebat. Tapi tidak hanya itu saja, ia juga dikenal sebagai seseorang yang tidak terkalahkan dalam duel pedang. Musashi yang mengetahui ketenaran dari Kojiro, kemudian meminta Lord Hosokawa Tadaoki, melalui perantara Nagaoka Sado Okinaga, seorang bawahan utama Hosokawa, untuk mengatur sebuah duel. Permintaan ini akhirnya disetujui dan Hosokawa menetapkan waktu dan tempatnya.
Duet tersebut dilaksanakan pada 13 April 1612, di pulau terpencil bernama Funashima yang kemudian berganti nama menjadi Ganryuujima, yang berada di selat antara Honshu dan Kyushu. Duel tersebut sengaja dilakukan di daerah terpencil karena pada saat itu Kojiro telah mendapatkan banyak murid, dan bila Kojiro kalah, mungkin mereka akan berusaha membunuh Musashi.
Pada duel tersebut Kojiro memakai teknik Tsubame Gaeshi atau "Turning Swallow Cut" yang merupakan teknik pedang yang dia temukan sendiri ketika melihat burung layang-layang terbang di Jembatan Kintaibashi di Iwakuni.
Teknik ini dilakukan dengan cara membalas tebasan lawan dengan cepat, ke arah atas atau bawah dan kembali ke arah berlawanan secara cepat. Ketika lawan menebaskan pedangnya, serangan tersebut ditahan dari samping kemudian menebas balik lawannya dan kembali ke posisi awal .
Menurut sumber yang beredar, dikatakan bahwa serangan Kojiro hampir membuatnya menang beberapa kali, sampai akhirnya dia dibutakan oleh silaunya cahaya matahari dari belakang badan Musashi, kemudian Musashi memukulnya di bagian tengkorak dengan pedang bokkennya yang besar, atau pedang kayu, yang panjangnya 110 cm.
Terdapat juga versi lain dari pertempuran tersebut yang menceritakan bahwa ketika Musashi akhirnya tiba, lalu Kojiro berteriak menghina dia, tapi Musashi hanya tersenyum. Kojiro kemudian melompat ke dalam pertempuran, yang dibutakan oleh kemarahan. Kojiro menggunakan teknik Swallow Cut-nya, tapi bokken besar Musashi memukul Kojiro terlebih dulu, menyebabkannya jatuh, sebelum Kojiro menyelesaikan Swallow Cut-nya, Musashi menghancurkan rusuk kiri Kojiro, menusuk paru-parunya dan membunuhnya. Musashi kemudian buru-buru mundur ke perahunya dan berlayar menjauh. Hingga saat ini masih menjadi perdebatan apakah duel tersebut berjalan dengan adil, dan apakah Musashi tidak melakukan kecurangan.
Karena pertarungan antara Sasaki Kojiro dengan Musashi ini cukup bersejarah, maka diabadikanlah patung duel Sasaki Kojiro dengan Miyamoto Musashi di pulau Ganryujima yang menjadi saksi bisu dari pertarungan bersejarah tersebut.
Bahkan, untuk mengenang kehebatan Sasaki Kojiro, didirikan patung monumen dirinya di sebuah taman di daerah Iwakuni, Prefektur Yamaguchi.
