Perlawanan rakyat semakin gencar, rumah-rumah musuh diserbu, patroli serdadu dicegat, kendaraan, senjata dan amunisi disita. Bote sebagai pemimpin pertempuran sering bertindak nekad. Karena perawakannya mirip “Sinyo Belanda” maka Bote sering menyamar sebagai Polisi Militer melakukan patroli di Kota Makasar lalu melucuti para serdadu Belanda serta merampas banyak senjata dan amunisi. Belanda menjadi tidak aman, nama Robert Wolter Mongisidi makin ditakuti, sampai-sampai Belanda mengadakan sayembara untuk menangkap Bote hidup atau mati.
Belanda mengerahkan serdadu KNIL dibawah pimpinan Raymond Westerling dan sering bertindak kejam, bengis serta melakukan pembersihan membabi-buta membunuh rakyat. Sebanyak 40.000 orang rakyat Sulawesi Selatan terbunuh, rakyat makin marah. Para penjuang walaupun makin sempit ruang geraknya namun semangat tidak pernah padam; “Lebih baik mati dari pada menyerah”.
Pada bulan Februari 1947 terjadi pertempuran hebat di Gunung Langgese – Polombangkeng. Pasukan pemberontak mengalami kerugian besar, Panglima Pasukan – Ranggong Daeng Romo tewas dalam pertempuran tersebut, pasukan pemberontak semakin terjepit, satu demi satu gugur dalam pertempuran membela tanah air.
Setelah pertempuran di Polombangkeng, Bote kembali melakukan perang gerilya, masuk kota menghajar musuh. Namun sayang tidak lama kemudian Bote yang sedang berada dirumah seorang guru Sekolah Menengah Nasional, dapat ditangkap Belanda yang memang sudah lama mengintai dengan penjagaan ketat rumah tersebut.
Mengetahui keberanian Bote yang luar biasa, Belanda tidak menyia-nyiakan kesempatan. Bote dibujuk, akan diberikan bea siswa untuk sekolah di Belanda dan jabatan yang tinggi, asal mau bekerja sama dengan Belanda. Akan tetapi Robert Wolter Mongisidi tidak luntur keyakinannya dan dengan tegas menolak tawaran tersebut.
Kemerdekaan Indonesia yang telah diproklamirkan 17 Agustus 1945 harus dipertahankan, “Merdeka atau Mati”. Belanda menjadi marah atas keteguhan hati Bote. Belanda lalu mencebloskan Bote kedalam penjara. Namun “Harimau” ganas yang dikurung dalam kerangkeng itu, dengan kelihaian dan keberaniannya yang luar biasa dapat meloloskan diri lepas dari kandangnya. Dan Belanda pun makin ketakutan.
Sayang sekali hanya 9 hari melakukan perang gerilya melawan Belanda, Bote tertangkap kembali dalam sebuah penggerebekan dirumah seorang pejuang di kampung Maricaya.
Belanda merasa lega, pejuang paling ditakuti dapat ditangkap kembali, penjagaan khusus dan sangat ketat dilakukan Belanda untuk Bote.
Ketika menjadi saksi bagi kawan-kawan pejuang yang akan diadili, Bote tampil dengan kedua tangannya dirantai. Di depan pengadilan dengan tegas Bote berkata : “Mereka tidak bersalah, saya yang bertanggung jawab, karena saya yang memerintahkan mereka untuk perang melawan musuh; kalau tuan-tuan mau menghukum, hukumlah saya”.
Karena Bote tidak mau diajak kerja sama, maka Belanda lalu mencari alasan dakwaan untuk menghukum mati Bote. Pada tanggal 26 Maret 1949, Bote mendapat giliran untuk diadili oleh pengadilan Belanda dengan tuduhan sebagai pengacau, perampok, pembunuh, dan tuduhan buruk lainnya.
Bote tetap tenang, tabah, tidak takut ataupun menyesal sedikitpun ketika itu. “Saya menolak tuduhan sebagai perampok juga bukan pembunuh. Kalau saya menyerang dan membunuh, itu karena mereka adalah penjajah dan saya berjuang membelah tanah air”. Tegas Bote didepan sidang pengadilan. Pengadilan Belanda akhirnya menjatuhkan hukuman mati. Bote tidak gentar namun sudah menduga akan dihabisi Belanda.
