Kongres merupakan instansi tertinggi Partai, Majelis Permusyawaratan Partai sebagai Badan Legislatif dan Badan Konsultasi dan Koordinasi antara Partai dengan Gerakan Massa Marhaen.
28-30 Nopember 1966 diadakan Sidang MPP-PNI ke-I, dengan keputusan antara lain: Mencabut “Deklarasi Marhaenisme” dan menentapkan “Yudya Pratidina Marhaenis” sebagai Pedoman Perdjoangan PNI.
23-25 Juli 1967 diadakan Sidang MPP-PNI ke-II ini, saat itu PNI menghadapi tantangan-tantangan yang luar biasa baik internal maupun (terutama) external. Tekanan-tekanan, dan ancaman secara langsung maupun tidak langsung ditujukan kepada PNI, bahkan terdapat iktikad tidak baik dari pihak tertentu dengan maksud dan usaha untuk membubarkan PNI. Periode sebelum dan sesudah MPP-PNI yang ke-II merupakan periode konflik yang multi-kompleks. (Catatan: Saat itu PNI menjadi target operasi Opsus pimpinan Ali Moertopo) Namun MPP dapat menghasilkan keputusan-keputusan penting antara lain mengenai bidang Organisasi, Ekubang dan lain-lain serta program-program lainnya.
20 DESEMBER 1967. Keluar “Pernjataan Kebulatan Tekad” Dewan Pimpinan Pusat PNI beserta segenap DPP/Presidium Organisasi Massa PNI. Pernyataan tersebut antara lain memuat:
Azas PNI adalah Marhaenisme dengan rumusannya adalah : Ke-Tuhanan Jang Maha Esa, Sosio-Nasionalisme dan Sosio Demokrasi;
Siap melaksanakan Ketetapan MPRS No.XXIII/MPRS/1967 dan tidak menghendaki kembalinya Ir Sukarno dalam kepemimpinan Negara/Pemerintahan/Nasional;
Gelar Bapak Marhaenisme ditiadakan.
21 DESEMBER 1967 Terbit “Instruksi Presiden Republik Indonesia No. 16 tahun 1967 tentang Kristalisasi dan Konsolidasi PNI”. Instruksi ini ditujukan kepada Gubernur Kepala Daerah dan Panglima Komando Keamanan dan Ketertiban Daerah untuk membantu dan memberikan kesempatan terhadap usajha-usaha PNI dalam melakukan kristalisasi dan konsolidasi sesuai dengan Pokok-Pokok kebijaksanaan Pemerintah dan Pernyataan Kebulatan Tekad. Pada 21 Desember 1967 ini pula dikeluarkan pula Surat Presiden (Pd) Republik Indonesia kepada DPP-PNI tentang hak hidup PNI. Dengan demikian, tiga naskah tersebut yakni:
Perntataan Kebulatan Tekad DPP-PNI beserta DPP/Presidium Organisasi Massa PNI;
Instruksi Presiden No. 16 tahun 1967 tentang Kristalisasi dan Konsolidasi PNI dan;
Surat Presiden R.I. kepada DPP-PNI telah memberikan babak baru bagi perjuangan PNI untuk mengadakan kristalisasi, konsolidasi dan rehabilitasi didalam tubuhnya.
