Di kerajaan Aceh Darussalam, Sultan Iskandar Muda juga sangat memerhatikan pengembangan agama dengan mendirikan masjid-masjid seperti Masjid Bait al-Rahman di Banda Aceh dan pusat-pusat pendidikan Islam yang disebut dayah. Sultan mengambil ulama sebagai penasihatnya, yang terkenal diantaranya adalah Samsuddin al-Sumatrani. Tradisi ini juga dilakukan oleh sultan selanjutnya, sehingga di Aceh terdapat ulama-ulama terkenal yang menyebarkan Islam di Asia Tenggara.
Para ulama besar ini berjasa mendirikan dayah yang kemudian berkembang menjadi perguruan tinggi. Para ulama dari luar Aceh yang dating menuntut ilmu di sana seperti Syaikh Burhanuddin yang berasal dari Ulakan-Pariaman-Minangkabau. Setelah tamat iya pulang kemudian mendirikan lembaga pendidikan islam yang di sebut surau. Kemajuan pesat lembaga pendidikan di aceh ini membuat orang memanggilnya "Serambi Mekkah". Dan setelah mereka belajar di Aceh mereka melanjutkan di Mekkah.
Pendidikan islam berkembang pesat setelah para ulama mengarang buku-buku pelajaran keislaman dengan bahasa Melayu, seperti karya-karya Hamzah Fanzuri, Nuruddin al-Raniri, Abd. Rauf Singkel di Aceh. Dan kebahasa-bahasa daerah lainnya, terutama para ulama yang pulang dari Makkah.
Diminangkabau lembaga pendidikan dinamakan surau. Dimana dulu surau dijadikan sebagai tempat menginap anak bujang, setelah islam datang lalu berubah fungsi sebagai tempat shalat, pengajaran dan pengembangan islam seperti belajar membaca Al-Quran.
Yang pertama melakukan islamisasi kepada surau adalah Syaikh Burhanuddin (1641-1691) setelah menuntut ilmu kepada Abd.Rauf Singkel di Kutaraja Aceh. Lalu kembali ke kampung halamannya, lalu mendirikan surau untuk mendidik kader ulama yang akan melanjutkan pengembangan islam selanjutnya di minangkabau.
Di Jawa lembaga pendidikan islam disebut pesantren, di Aceh dayah atau Rangkang, di minangkabau surau, pesantren berasal dari nama lembaga sebelum Islam yaitu berasal dari bahasa Tamik santri yang berarti guru ngaji. Dari lembaga pendidikan inilah menyebar agama islam ke berbagai pelosok jawa dan wilayah Indonesia bagian Timur. Oleh karena itu, di jawa sudah ada lembaga pendidikan sejak abad ke-15 dan 16.
Pendidikan islam setahap demi setahap dimajukan, istilah pesantren yang dulu hanya belajar di surau dan menolak moderenisasi, sudah mulai beradaptasi dengan tuntutan jaman. Bahkan ada pesantren yang mendirikan madrasa dan sekolah umum. Upaya ini merupakan usaha ini merupakan usaha untuk menata diri di tengah realitas sosial, dan pesantren semakin berkembang dengan berdirinya sekolah tinggi Islam.
Sekolah agama termasuk madrasah ditetapkan sebagai sebagai sumberdan model pendidikan nasional yang berdasarkan undang-undang 1945. Eksistensi pendidikan agama sebagai komponen pendidikan nasional dituangkan dalam UU pokok pengajaran dan pendidikan Nomor 4 tahun 1950 bahwa belajar disekolah agama yang telah diakui oleh mentri agama dianggap telah memenuhi kewajiban belajar. Tahun 1975 dikeuarkan SKB dimana madrasa diharapkan memperoleh posisi yang sama dengan sekolah lain dalam segala hal. Selanjutnya dikeluarkan pembukuan kurikulum sekolah umum dan madrasah. Pendidikan sekolah islam terus dikembangkan, tuntutan untuk mendirikan perguruan tinggipun semakin dituntut. Hingga saat ini pendidikan Islam di Indonesia terus berkembang dengan pesat.
Pendidikan Islam di Malaysia
Pada prinsipnya urusan agama Islam menjadi wewenang pemerintah Negara bagian. Seperti ditetapkan dalam Konstitusi Malaysia, sulthan menjadi pimpinan agama Islam di negerinya masing-masing. Sementara itu di negeri yang tidak mempunyai sulthan seperti Pulau Pinang, Malaka, Sabah dan Serawak serta wilayah federal Kuala Lumpur sendiri, pimpinan agama dipercayakan kepada yang di Pertuan Agung. Namun demikian agaknya pemerintah merasa perlu untuk memadu, kalau tidak bisa dikatakan mengatur, agaknya aktifitas Islam di Negara tersebut tidak menjadi sumber instabilitas. Hal ini dilakukan pemerintah, selain untukmenunjukkan perannya dalam mendukung Islam juga dimaksudkan untuk menghilangkan kekhawatiran dan ketakutan warga non Muslim terhadap apa yang dibahasakan Mahathir sebagai "Islam Fundamentalis" yang diantaranya menginginkan penerapan hukum Islam dan atau terbentuknya Negara Islam di Malaysia. Dengan kata lain bahwa pemimpin islam tidak hanya bisa dalam urusan agama tapi juga dalam urusan umum agar menjadi pemimpin yang baik serta cerdas.
Kebijakan dan program keislaman dibidang pendidikan terlihat lebih awal mendapat perhatian disbanding bidang lainnya. Hal ini bisa jadi karena posisi menteri pendidikan saat itu dipegang Muhathir Muhammad, sosok yang dikenal banyak berperan dan memberikan kontribusi bagi upaya islamisasi di Malaysia. Di awal karirnya sebagai Menteri Pendidikan Malaysia tahun 1974, Mahathir mengawali langkahnya dengan meninjau ulang sistem pengajaran agama Islam yang dipandangnya tidak efektif dan tidak sesuai dengan perkembangan dan kebutuhan zaman. Segera setelah itu, ia mengadakan pengkajian kembali tentang pendidikan agama Islam dan system pengajarannya serta membentuk dewan penasehat untuk pendidikan agama Islam. Pembentukan Dewan ini dimaksudkan untuk menggerakkan agar Islam menjadi relevan dengan kebutuhan modernisasi masyarakat Muslim Malaysia dan agar gerakan ini dapat dilaksanakan secara koordinatif dan sistematis.
