MTS Vip Queen Al Khadijah Cilacap menjadi urutan ketiga dalam daftar ini. MTS Vip Queen Al Khadijah Cilacap adalah sebuah sekolah MTs swasta yang alamatnya di Jl. Dr Rajiman No 99 Gunungsimping Kec. Cilacap Tengah Kab. Cilacap, Kab. Cilacap.
Sebagai madrasah berbasis pondok pesantren, MTs ini berada persis bersama Pondok Pesantren Roudlotul Qur'an. Keunggulan MTs ini adalah pada Tahfidul Quran.
4. MTs Al-Jawami
Di urutan keempat, ada MTs Al-Jawami yang beralamat di JL. Nyamplung , Tritih Kulon, Kec. Cilacap Utara, Kab. Cilacap Prov. Jawa Tengah. MTs Plus AL-Jawami selalu berupaya mewujudkan aspirasi pemerintah dan masyarakat dengan berbagai kegiatan dan program yang bertujuan meningkatkan mutu serta daya saing lulusan yang berakhlakul karimah.
5. MTs Al-Fatah Cilacap
Yang terakhir ada MTs Al-Fatah Cilacap sebagai madrasah berbasis pesantren di cilacap. Madrasah ini terletak di Jalan Citandui No. 39 RT. 05 RW. 09, Donan, Kec. Cilacap Tengah, Kab. Cilacap Prov. Jawa Tengah. Dalam satu lokasi terdapat Madrasah Ibtidaiyyah, setara SD. MTs setara SMP dan Pendidikan non formal pondok pesantren.
Dalam website resminya, diungkapkan bahwa Madrasah Tsanawiyah Al-Fatah Jayanihim adalah sekolah yang menerapkan pendekatan penyelenggaraan proses belajar dengan memadukan pendidikan umum, pendidikan agama dan pendekatan Pesantren Modern menjadi satu jalinan kurikulum.
