Pada saat yang sama, Ryukyu juga menjadi titik transfer perdagangan antara Tiongkok dan Jepang, Korea, Asia Tenggara, dan kawasan lain, berkembang menjadi industri maritim yang makmur.
Namun, nasib Ryukyu berubah drastis pada abad ke 17. Pada tahun 1609, Ke-Shogunan Tokugawa Jepang mengirim pasukan militer, Satsuma, untuk menyerang Ryukyu, merebut Kota Raja Shuri, dan menjarah sejumlah besar harta benda dan penduduk.
Sejak itu, Ryukyu terpaksa membayar upeti ke Jepang dan menjadi negara bawahan Jepang. Tapi Ryukyu tidak melepaskan hubungan untuk beraudiensi dengan kerajaan Tiongkok.
Sebaliknya, mereka mengadopsi kebijakan sebagai "dua bawahan", yaitu mengakui pengikut kedua negara ke dunia luar, situasi ini berlangsung hingga akhir abad ke-19.
Pada tahun 1879, ketika kekuatan nasional Dinasti Qing melemah, pemerintah Meiji Jepang mengambil kesempatan untuk menghapuskan Kerajaan Ryukyu dan menggabungkannya ke dalam wilayah Jepang dan menamainya Prefektur Okinawa.
Langkah ini diprotes keras oleh pemerintah Qing di Tiongkok, yang percaya bahwa pendudukan Jepang atas Ryukyu merupakan pelanggaran yurisprudensi sejarah dan konvensi internasional. Dan meminta Jepang untuk mencabut keputusannya dan mengembalikan status independen Kerajaan Ryukyu.
Namun, dalam Perang Tiongkok-Jepang tahun 1888-1895, pemerintah Tiongkok dikalahkan oleh tentara Jepang dan dipaksa menandatangani "Perjanjian Shimonoseki", dan menyerahkan kedaulatan atas Taiwan dan Kepulauan Penghu.
Tetapi, dalam "Perjanjian Shimonoseki" tidak menyebutkan masalah Ryukyu, sehingga pemerintah Qing/Manchu (Tiongkok) tidak secara resmi mengabaikan klaimnya atas Ryukyu.
Pasca P.D. II, dalam "Deklarasi Potsdam" dengan jelas menetapkan bahwa Jepang harus menyerah tanpa syarat dan menyerahkan semua wilayah dan hak kecuali Honshu, Hokkaido, Kyushu, Shikoku, dan pulau-pulau kecil terdekat.
Menurut deklarasi tersebut, Jepang diharuskan mengembalikan semua wilayah pendudukan. Pada saat itu, komandan Tentara Ryukyu Jepang, Mitsuru Ushijima, khawatir orang Ryukyu akan bergandengan tangan dengan Tiongkok untuk melikuidasi Jepang, bahkan dia memerintahkan pasukan Jepang yang ditempatkan di Ryukyu untuk menerapkan "Sanko Policy/Kebijakan Tiga Cahaya" dan membunuh mereka sebelum militer AS mengambil alih Ryukyu. Lebih dari 260.000 warga Ryukyu dibantai. Ini adalah "Pembantaian Ryukyu" merupakan pembantaian rakyat jelata kedua setelah Nanjing dalam sejarah Ryukyu.
