Warisan pemikiran dan ajaran Maulana Syaikh TGKH Muhammad Zainuddin Abdul Madjid telah menjadi fondasi penting dalam pembinaan spiritual dan intelektual di lingkungan Nahdlatul Wathan. Beliau tidak sekadar mendirikan Nahdlatul Wathan, melainkan juga meninggalkan warisan nilai-nilai spiritual, moral, dan intelektual yang menjadi pedoman bagi seluruh jamaah, pelajar, kader, dan pencinta Nahdlatul Wathan. Ajaran beliau berfungsi sebagai landasan penting dalam pembinaan karakter dan pengembangan semangat keagamaan serta sosial.
Warisan tersebut menekankan nilai kejujuran, keadilan, dan komitmen dalam perjuangan. Melalui teladan dan pemikiran beliau, perjuangan bukan hanya dipahami sebagai aktivitas organisasi, tetapi sebagai pengabdian yang berlandaskan ketulusan hati dan kesungguhan dalam mengamalkan ajaran Islam. Nilai-nilai ini terus menjadi sumber inspirasi untuk membangun kemajuan umat dan bangsa secara berkelanjutan.
Salah satu implemntasi warisan agung itu adalah cara beliau memandang kritik terhadap pemimpin. Dalam pandangan beliau, kritik bukan sekadar kata-kata yang keluar dari lisan, tetapi juga doa yang keluar dari hati. Kritik tidak hanya disampaikan dalam ruang-ruang majelis, tetapi juga diiringi dengan permohonan yang tulus di hadapan Allah, Pemilik langit dan bumi, agar perubahan yang diharapkan mendapatkan bimbingan, keberkahan, dan  ridho-Nya.
Bangsa Indonesia dalam sistem demokrasi memberikan ruang bagi warga untuk menyampaikan kritik kepada pemimpin. Dalam perspektif Islam, nasihat kepada pemimpin yang khilaf merupakan bagian dari amanah iman, sebagaimana tercermin dalam hadis ad-dīn an-naṣīḥah (agama adalah nasihat).
Nahdlatul Wathan memiliki cara yang khas dan luhur dalam menjalankan amanah ini. Warisan dari Maulana Syaikh mengajarkan bahwa kritik harus diiringi doa, sehingga perjuangan di bumi mendapat restu dari langit.
Di antara warisan tersebut adalah doa yang terdapat dalam Hizib Nahdlatul Wathan:
_Ya Allah! Perbaikilah seluruh pemimpin kaum muslimin, dan berilah mereka taufik untuk melakukan apa yang Engkau cintai dan Engkau ridai, yang bermanfaat bagi hamba-hamba-Mu dan negeri, wahai Tuhan Yang Maha Pemurah._
Doa ini mencerminkan tiga pesan pokok:
1. Islah (Perbaikan) — memohon agar pemimpin dibimbing untuk meninggalkan keburukan dan beralih kepada kebaikan.
2. Taufik — menyadari bahwa kemampuan untuk memimpin dengan benar hanya datang dari pertolongan Allah.
